Plasmodium falciparum population structure and genetic diversity of cell traversal protein for ookinetes and sporozoites (CelTOS) during malaria resurgences in Dielmo, Senegal
Notice bibliographique
Résumé
The ability to accurately measure the intensity of malaria transmission in areas with low transmission is extremely important to guide elimination efforts. Plasmodium falciparum Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites (PfCelTOS) is an important conserved sporozoite antigen reported as one of the promising malaria vaccine candidates, and could be used to estimate malaria transmission intensity. This study aimed at determining whether the diversity of PfCelTOS gene reflects the changes in malaria transmission that occurred between 2007 and 2014 in Dielmo, a Senegalese village, before and after the implementation of insecticide treated bed nets (ITNs). Of the 109 samples positive for PfCelTOS PCR, 96 (88%) were successfully sequenced and analysed for polymorphisms and population diversity. The number of segregating sites was higher during the pre-intervention period (13) and the malaria resurgences (11) than during the intervention period (5). Similarly, the number and diversity of haplotypes were higher during the pre-intervention period (16 and 0.914, respectively) and the malaria resurgences (6 and 0.821, respectively) than during the intervention period (4 and 0.758, respectively). Moreover, the average number of nucleotide differences was higher during the pre-intervention (3.792) and during malaria resurgences (3.467) than during the intervention period (2.189). The 3D7 KSSFNEP haplotype was only observed during the intervention period. Only two haplotypes were shared in both the pre-intervention and intervention periods while four haplotypes were shared between the pre-intervention and the malaria resurgences. The Fst values indicate moderate differentiation between pre-intervention and intervention periods (0.17433), and between intervention and malaria resurgences period (0.19198) as well as between pre-intervention and malaria resurgences periods (0.06607). PfCelTOS genetic diversity reflected changes of malaria transmission, with higher polymorphisms recorded before the large-scale implementation of ITNs and during the malaria resurgences. PfCelTOS is also a candidate vaccine; mapping its diversity across multiple endemic environments will facilitate the design and optimisation of a broad and efficacious vaccine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».