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Enregistrement W4389120590 · doi:10.1101/2023.11.29.568958

Origin and evolution of the bread wheat D genome

2023· preprint· en· W4389120590 sur OpenAlexaff
Emile Cavalet-Giorsa, Andrea González-Muñoz, Naveenkumar Athiyannan, Samuel Holden, Adil Salhi, Catherine Gardener, Jesús Quiroz-Chávez, Samira Rustamova, Ahmed F. Elkot, Mehran Patpour, Awais Rasheed, Long Mao, Evans Lagudah, Sambasivam Periyannan, Amir Sharon, Axel Himmelbach, Jochen C. Reif, Manuela Knauft, Martin Mascher, Nils Stein, Noam Chayut, Sreya Ghosh, Dragan Perović, Alexander Putra, Ana B. Perera, Chia-Yi Hu, Guotai Yu, Hanin Ibrahim Ahmed, Konstanze D. Laquai, Luis F. Rivera, Renjie Chen, Yajun Wang, Xin Gao, Sanzhen Liu, John Raupp, Eric Olson, Jong-Yeol Lee, Parveen Chhuneja, Satinder Kaur, Peng Zhang, Robert Park, Yi Ding, Dengcai Liu, Wanlong Li, Firuza Nasyrova, Jan Dvořák, M. Abbasi, Meng Li, Naveen Kumar, W. Meyer, Willem H. P. Boshoff, Brian J. Steffenson, Oadi Matny, Parva Kumar Sharma, Vijay Tiwari, Surbhi Grewal, Curtis Pozniak, Harmeet Singh Chawla, Jennifer Ens, Luke T. Dunning, J. A. Kolmer, Gerard R. Lazo, Steven S. Xu, Yongqiang Gu, Xianyang Xu, Cristóbal Uauy, Michaël Abrouk, Salim Bougouffa, Gurcharn S. Brar, Brande B. H. Wulff, Simon G. Krattinger

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueWheat and Barley Genetics and Pathology
Établissements canadiensUniversity of ManitobaUniversity of SaskatchewanUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilDirectorate for Biological SciencesUniversität ZürichNational Key Research and Development Program of ChinaUniversität für Bodenkultur WienUniversità di BolognaNatural Environment Research CouncilKing Abdullah University of Science and TechnologyAustralian GovernmentKing Saud UniversitySight Research UKAcademy of Scientific Research and TechnologyBundesministerium für Bildung und ForschungU.S. Department of Agriculture
Mots-clésBiologyAegilops tauschiiDomesticationLocus (genetics)Genetic diversityGenomeAlleleGeneticsHaplotypeCommon wheatPloidyGeneGene poolChromosome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Bread wheat ( Triticum aestivum ) is a globally dominant crop and major source of calories and proteins for the human diet. Compared to its wild ancestors, modern bread wheat shows lower genetic diversity caused by polyploidisation, domestication, and breeding bottlenecks 1,2 . Wild wheat relatives represent genetic reservoirs, harbouring diversity and beneficial alleles that have not been incorporated into bread wheat. Here, we establish and analyse pangenome resources for Tausch’s goatgrass, Aegilops tauschii , the donor of the bread wheat D genome. This new pangenome facilitated the cloning of a disease resistance gene and haplotype analysis across a complex disease resistance locus, allowing us to discern alleles from paralogous gene copies. We also reveal the complex genetic composition and history of the bread wheat D genome, involving previously unreported contributions from genetically and geographically discrete Ae. tauschii subpopulations. Together, our results reveal the complex history of the bread wheat D genome and demonstrate the potential of wild relatives in crop improvement.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,207
Écart entre enseignants0,184 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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