Meeting Abstracts from the 5th B Chromosome Conference
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium oxysporum is a cross-kingdom fungal pathogen that infects both plants and animals. Long regarded as a highly destructive plant pathogen, F. oxysporum was recently recognized by WHO as a high-priority threat to human health. An F. oxysporum genome is divided into two compartments: core chromosomes (CCs) and accessory chromosomes (ACs). CCs are conserved, vertically transmitted from parent to offspring, and involved in essential housekeeping functions, whereas lineage-or strain-specific ACs, also known as B chromosomes, are not conserved, are thought to be horizontally transmitted, and are associated with specialized functions. My lab was the first to discover ACs in a tomato wilt-causing F. oxysporum strain and subsequently reported distinct sets of ACs in two human pathogenic strains. Our research documented that horizontally transmitted ACs of F. oxysporum genomes determine host-specific virulence and hold the key to a fundamental question of why a single species possesses a rare capacity to overwhelm the host's sophisticated immune system and cause serious disease in both plants and animals. Focusing on fungal-host interfaces, we have established F. oxysporum infection models using mouse as an animal host and Arabidopsis and tomato as plant hosts. Drawing on our expertise in bioinformatics, molecular characterization, forward and reverse genetics, and short-term experimental evolution, I will report our current understanding on how ACs contribute to host-specific virulence. I will report our efforts in identifying master regulators used by both plant and human pathogens to coordinate the functions of ACs and the core genome. To dissect host defence, we have employed single-nucleus RNA sequencing using the Fusarium-Arabidopsis interaction model. Ultimately, we aim to apply the gained knowledge to control this threatening cross-kingdom pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,383 | 0,246 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».