CHIP is associated with cardiovascular disease in the UK Biobank
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Clonal hematopoiesis (CH) is a form of age-related somatic mosaicism. CH encompasses both clonal events with recognizable leukemic driver mutations, such as CH of indeterminate potential (CHIP) and mosaic chromosomal alterations (mCAs), as well as clonal states without clear driver mutations. Stacey et al . identify cases of CH from whole genome sequencing (WGS) data in a subset of 130,709 UK Biobank (UKB) participants and in 45,510 individuals from an Icelandic cohort. They report that CH is not associated with cardiovascular disease (CVD) and posit that the multiple prior CH studies did not fully account for smoking-related confounding. We find that the conclusion reached by Stacey et al . is specific to their particular CH definition which groups well-established and clinically meaningful CH subtypes together despite evidence from multiple previous reports that distinct forms of CH have distinct phenotypic consequences. We show that (1) the CHIP/ CVD association in the UK Biobank is not confounded by smoking and (2) CH subtypes which Stacey et al . have lumped together have heterogenous associations with CVD. We suggest that Stacey et al.’s failure to identify an association between CHIP and CVD is perhaps related to methodologic differences compared to prior reports.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».