Developing a Biomarker to Cold Shock in the Yellow Perch, Perca flavescens
Notice bibliographique
Résumé
Fish kills are common events with their causes variously attributed to natural and anthropogenic sources.Yet, it is very difficult to properly attribute a specific cause to fish death due to many interacting variables.Utilities have found a similar problem where fish impingement events coincide with rapid reductions in water temperature.There is no clear protocol for investigating this matter to determine if cold shock is the underlying mechanism for impingement.Hence, this study focused on developing a biomarker for cold shock in fish.In this thesis I used the expression of twenty-eight genes (grouped into four categories of: stress response, endocrine disruption, growth and metabolism, and immune function genes) in yellow perch (Perca flavescens) to isolate between common stressors (heat and air exposure) and varying degrees of cold shock (exposures of 8°C, 12°C, and 16°C).I also assessed gene expression in different cold shock exposures (8°C, 12°C, and 16°C) over time (~4-5 fish sampled/hour for a maximum of ~5 hours).Several potential biomarkers for cold shock were identified: cirbp, igf1, igf2, cam, and mhcI.The expression of markers was also found to express differentially between different cold temperatures and at a single cold temperature over time.The findings of this study contribute to the knowledge gap in the literature for the field of cold shock in fish and provides a novel study where many proposed markers in the field were tested together for biomarker identification.Benjamin, and Joshua Cooke provided expert angling services which ensured a continuous supply of yellow perch for experimentation.The field experimentation took place at Queen's University Biological Station (QUBS), so I thank their team and the broader QUBS community for their support and assistance.Along with this, I would like to thank all my friends and family for their relentless support and guidance.You all mean the world to me, and I am very lucky to have the support network that I do.Last but not least, I would like to thank whole grain Cheerios for allowing me to snack during this process.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».