Abstract C003: A quantitative mass spectrometry workflow for highly multiplexed measurement of immunomodulatory proteins to support immunotherapy clinical trials
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Since the approval of the first immune checkpoint-directed immunotherapies, it has been well-known that the efficacy of these therapies has been limited to a subset of cancer patients. As the number of new potential immunotherapy targets has grown, including novel combination therapy strategies, improved immune-related biomarker measurement has played a key role in understanding novel mechanisms of action and response to drugs. To support these efforts, we have developed an analytically validated assay for the multiplexed quantitation of up to 113 immunomodulatory proteins in various matrices (e.g., human plasma, PBMC, cells, or tissue) based on anti-peptide immunoaffinity capture followed by LC-MRM mass spectrometry analysis. Methods: Remnant samples from commercial biobanks were acquired in a variety of solid tumor indications. Briefly, matrices were denatured, reduced, alkylated, and digested using trypsin. Immunoaffinity capture of the peptide targets consisted of overnight incubation of the digested sample with anti-peptide antibodies coupled to protein G magnetic beads, followed by automated washing and elution of the peptides from the antibodies using the KingFisher platform. The peptides were analyzed in a multiplexed method by LC-MRM mass spectrometry. Endogenous levels for each target were measured relative to a stable isotopically labeled peptide standard. Results: In panel experiments, we found that the targets can be quantified precisely and accurately over 3 orders of magnitude with an intra-/inter-assay precision and accuracy of less than 20%. In total, 107 peptide targets were detected endogenously in cell lines. We expand on these data with analysis of solid tumor FFPE specimens where the results will be compared to immunohistochemical staining for selected targets. Conclusions: This study shows how multiplex immunoaffinity methods can complement classical methods of tissue-based protein expression for simultaneous and quantitative interpretation of protein levels. Citation Format: Ons Ousji, Anne Jang, Luca Genovesi, Nicholas Dupuis, Timon Geib, Gwenael Pottiez, Michael Schirm. A quantitative mass spectrometry workflow for highly multiplexed measurement of immunomodulatory proteins to support immunotherapy clinical trials [abstract]. In: Proceedings of the AACR-NCI-EORTC Virtual International Conference on Molecular Targets and Cancer Therapeutics; 2023 Oct 11-15; Boston, MA. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2023;22(12 Suppl):Abstract nr C003.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».