Abstract B012: Transcriptional activation of mouse LINE-1 promoter by transcription factor YY1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Long interspersed element type 1 (LINE-1) are highly abundant non-LTR retrotransposons in mammalian genomes. LINE-1 hypomethylation and overexpression has been considered as a hallmark of many human cancers. Moreover, active movement of LINE-1 results in insertional mutagenesis and may contribute to cancer initiation or progression. Transcription is the initial and critical regulatory step for active LINE-1 movement. Therefore, investigating LINE-1 transcriptional regulation is important for our understanding of LINE-1’s role in cancer. In human LINE-1, an intact YY1 transcription factor binding motif is required for accurate transcription initiation. Two subfamilies of mouse LINE-1, Tf_I and Gf_I, have predicted YY1 binding motifs in their promoter region but their role in mouse LINE-1 transcription has not been characterized. In this study, we aim to investigate the role of these putative YY1 motifs in Tf_I and Gf_I subfamilies. Promoter sequences carrying the wild-type or mutant YY1 motifs were cloned into a dual-luciferase reporter system. Reporter assays showed transcription inactivation upon mutation of the YY1 motif for the Tf_I subfamily. The electrophoretic mobility shift assay (EMSA) demonstrated specific interaction of the Tf_I promoter sequence with the YY1 protein. Knockdown of YY1 protein level in cells reduced Tf_I promoter activity by 2-fold compared to the wild-type control. These results indicate that YY1 is a transcriptional activator of mouse LINE-1 Tf_I subfamily. On the other hand, our data suggest that the predicted YY1 binding site in the promoter of Gf_I subfamily is not functional due to one nucleotide deviation from the consensus YY1 motif. Indeed, restoring it to the conserved YY1 motif sequence enhanced the promoter activity by 6-fold. In EMSA, YY1 protein did not interact with the putative YY1 motif of the Gf_I subfamily but did so when the motif was restored to consensus YY1 sequence. Findings from our study increase our understanding of the transcriptional regulation of different mouse LINE-1 subfamilies, highlight the differing roles of YY1 in regulating human and mouse L1 transcription, and have important implications in the role of LINE-1s during cancer development. Citation Format: Karani Saha, Grace Nielsen, Wenfeng An. Transcriptional activation of mouse LINE-1 promoter by transcription factor YY1 [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Tumor Immunology and Immunotherapy; 2023 Oct 1-4; Toronto, Ontario, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Immunol Res 2023;11(12 Suppl):Abstract nr B012.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».