Abstract B012: Transcriptional activation of mouse LINE-1 promoter by transcription factor YY1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Long interspersed element type 1 (LINE-1) are highly abundant non-LTR retrotransposons in mammalian genomes. LINE-1 hypomethylation and overexpression has been considered as a hallmark of many human cancers. Moreover, active movement of LINE-1 results in insertional mutagenesis and may contribute to cancer initiation or progression. Transcription is the initial and critical regulatory step for active LINE-1 movement. Therefore, investigating LINE-1 transcriptional regulation is important for our understanding of LINE-1’s role in cancer. In human LINE-1, an intact YY1 transcription factor binding motif is required for accurate transcription initiation. Two subfamilies of mouse LINE-1, Tf_I and Gf_I, have predicted YY1 binding motifs in their promoter region but their role in mouse LINE-1 transcription has not been characterized. In this study, we aim to investigate the role of these putative YY1 motifs in Tf_I and Gf_I subfamilies. Promoter sequences carrying the wild-type or mutant YY1 motifs were cloned into a dual-luciferase reporter system. Reporter assays showed transcription inactivation upon mutation of the YY1 motif for the Tf_I subfamily. The electrophoretic mobility shift assay (EMSA) demonstrated specific interaction of the Tf_I promoter sequence with the YY1 protein. Knockdown of YY1 protein level in cells reduced Tf_I promoter activity by 2-fold compared to the wild-type control. These results indicate that YY1 is a transcriptional activator of mouse LINE-1 Tf_I subfamily. On the other hand, our data suggest that the predicted YY1 binding site in the promoter of Gf_I subfamily is not functional due to one nucleotide deviation from the consensus YY1 motif. Indeed, restoring it to the conserved YY1 motif sequence enhanced the promoter activity by 6-fold. In EMSA, YY1 protein did not interact with the putative YY1 motif of the Gf_I subfamily but did so when the motif was restored to consensus YY1 sequence. Findings from our study increase our understanding of the transcriptional regulation of different mouse LINE-1 subfamilies, highlight the differing roles of YY1 in regulating human and mouse L1 transcription, and have important implications in the role of LINE-1s during cancer development. Citation Format: Karani Saha, Grace Nielsen, Wenfeng An. Transcriptional activation of mouse LINE-1 promoter by transcription factor YY1 [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Tumor Immunology and Immunotherapy; 2023 Oct 1-4; Toronto, Ontario, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Immunol Res 2023;11(12 Suppl):Abstract nr B012.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».