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Enregistrement W4389262740 · doi:10.1016/j.joca.2023.11.019

Three decades of advancements in osteoarthritis research: insights from transcriptomic, proteomic, and metabolomic studies

2023· review· en· W4389262740 sur OpenAlexafffund
Muhammad Farooq, Kelsey H. Collins, Annemarie Lang, Tristan Maerz, Jeroen Geurts, Cristina Ruíz‐Romero, Ronald K. June, Y.F. Ramos, Sarah J. Rice, Shabana Amanda Ali, Chiara Pastrello, Igor Jurišica, C. Thomas Appleton, Jason S. Rockel, Mohit Kapoor

Notice bibliographique

RevueOsteoarthritis and Cartilage · 2023
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOsteoarthritis Treatment and Mechanisms
Établissements canadiensResearch CanadaWestern UniversityUniversity of TorontoOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesInstituto de Salud Carlos IIIMinisterio de Ciencia e InnovaciónNational Research FoundationNational Science FoundationRoyal SocietyXunta de GaliciaDivision of Civil, Mechanical and Manufacturing InnovationEuropean Regional Development FundU.S. Department of DefenseEuropean CommissionNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaHealth~HollandNational Institutes of HealthCanada Research ChairsDr. Ralph and Marian Falk Medical Research TrustNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesVersus Arthritis
Mots-clésMetabolomicsComputational biologyOmicsContext (archaeology)DiseaseProteomicsBiomarker discoveryProteomeIdentification (biology)BioinformaticsTranscriptomeBiologyOsteoarthritisMedicineData scienceComputer sciencePathologyGeneGeneticsGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: Osteoarthritis (OA) is a complex disease involving contributions from both local joint tissues and systemic sources. Patient characteristics, encompassing sociodemographic and clinical variables, are intricately linked with OA rendering its understanding challenging. Technological advancements have allowed for a comprehensive analysis of transcripts, proteomes and metabolomes in OA tissues/fluids through omic analyses. The objective of this review is to highlight the advancements achieved by omic studies in enhancing our understanding of OA pathogenesis over the last three decades. DESIGN: We conducted an extensive literature search focusing on transcriptomics, proteomics and metabolomics within the context of OA. Specifically, we explore how these technologies have identified individual transcripts, proteins, and metabolites, as well as distinctive endotype signatures from various body tissues or fluids of OA patients, including insights at the single-cell level, to advance our understanding of this highly complex disease. RESULTS: Omic studies reveal the description of numerous individual molecules and molecular patterns within OA-associated tissues and fluids. This includes the identification of specific cell (sub)types and associated pathways that contribute to disease mechanisms. However, there remains a necessity to further advance these technologies to delineate the spatial organization of cellular subtypes and molecular patterns within OA-afflicted tissues. CONCLUSIONS: Leveraging a multi-omics approach that integrates datasets from diverse molecular detection technologies, combined with patients' clinical and sociodemographic features, and molecular and regulatory networks, holds promise for identifying unique patient endophenotypes. This holistic approach can illuminate the heterogeneity among OA patients and, in turn, facilitate the development of tailored therapeutic interventions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,981
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,132
Tête enseignante GPT0,383
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeAutre devis
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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