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Enregistrement W4389286272 · doi:10.1101/2023.12.02.569723

Structural basis of the mechanism and inhibition of a human ceramide synthase

2023· preprint· en· W4389286272 sur OpenAlexfundno aff
Tomas C. Pascoa, A.C.W. Pike, Christofer S. Tautermann, Gamma Chi, Michael Traub, Andrew Quigley, R. Chalk, Saša Štefanić, Sven Thamm, Alexander Pautsch, Elisabeth P. Carpenter, Gisela Schnapp, David B. Sauer

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSphingolipid Metabolism and Signaling
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesOntario Ministry of Economic Development and InnovationMedical Research CouncilEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsMinistero dello Sviluppo EconomicoMcGill UniversityDiamond Light SourceGenome CanadaWellcome TrustEuropean CommissionPfizer
Mots-clésCeramideCeramide synthaseSphingolipidBiochemistryEnzymeSphingosineFunction (biology)BiologyChemistryMechanism (biology)Cell biologyApoptosis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Ceramides are bioactive sphingolipids that play pivotal roles in regulating cellular metabolism. Ceramides and dihydroceramides are synthesized by a family of six ceramide synthase enzymes (CerS), each with distinct specificity for the acyl-CoA substrate. Importantly, the acyl chain length plays a key role in determining the physiological function of ceramides, as well as their role in metabolic disease. Ceramide with an acyl chain length of 16 carbons (C16 ceramide) has been implicated in obesity, insulin resistance and liver disease, and the C16 ceramide-synthesizing CerS6 is regarded as an attractive drug target for obesity-associated disease. Despite their importance, the molecular mechanism underlying ceramide synthesis by CerS enzymes remains poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of human CerS6, capturing covalent intermediate and product-bound states. These structures, together with biochemical characterization using intact protein and small molecule mass spectrometry, reveal that CerS catalysis proceeds via a ping-pong reaction mechanism involving a covalent acyl-enzyme intermediate. Notably, the product-bound structure was obtained upon reaction with the mycotoxin fumonisin B 1 , providing new insights into its inhibition of CerS. These results provide a framework for understanding the mechanisms of CerS function, selectivity, and inhibition, and open new directions for future drug discovery targeting the ceramide and sphingolipid pathways.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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