Targeted amplification-based whole genome sequencing of <i>Monkeypox virus</i> in clinical specimens
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The 2022 mpox outbreak has led to more than 91,000 cases in 115 countries. Whole genome sequencing (WGS) has been at the forefront of surveillance and outbreak investigations for different pathogens of public health significance. Many institutions performing WGS on Monkeypox virus (MPXV) use a resource-intensive metagenomic approach. Here we present a targeted amplification method for WGS of MPXV from clinical specimens. We designed 43 pairs of primers (amplicons ~5 kb) with PrimalScheme to span the ~200 kb viral genome and then added 12 additional primers to optimize amplification. We extracted nucleic acid from clinical specimens and amplified the two primer pools. All libraries were sequenced on the MiniSeq platform. Resulting reads were filtered by quality and then mapped to a MPXV reference genome. Consensus sequences were generated for phylogenetic analysis. A total of 91 specimens with a real-time-PCR cycle threshold (Ct) values ≤27.9 were sequenced using our targeted amplification protocol. The sequenced MPXV genomes were of high quality with mean genome coverage of 99.56% (95% CI 99.32-99.80%), mean depth 1,395× (95% CI 1275–1515), and mean mapping quality of 52.87 (95% CI 52.1–53.6) and allowed for greater multiplexing of samples relative to metagenomics. The MPXV genomes belong to 8 of the 13 clades observed during the 2022 global mpox outbreak. Targeted amplification enrichment provides high coverage, throughput, and short turnaround times. It is an efficient low-cost method for MPXV WGS and can benefit public health surveillance and outbreak management. IMPORTANCE We present a protocol to efficiently sequence genomes of the MPXV-causing mpox. This enables researchers and public health agencies to acquire high-quality genomic data using a rapid and cost-effective approach. Genomic data can be used to conduct surveillance and investigate mpox outbreaks. We present 91 mpox genomes that show the diversity of the 2022 mpox outbreak in Ontario, Canada.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».