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Enregistrement W4389312307 · doi:10.1038/s41594-023-01159-5

Rational optimization of a transcription factor activation domain inhibitor

2023· article· en· W4389312307 sur OpenAlexaff
Shaon Basu, Paula Martínez-Cristóbal, Marta Frigolé‐Vivas, Mireia Pesarrodona, Michael R. Lewis, Elzbieta Szulc, Carmen A. Bañuelos, Carolina Sánchez, Stasė Bielskutė, Jiaqi Zhu, Karina Pombo‐García, Carla Garcia‐Cabau, Levente Ződi, Hannes Dockx, Jordann Smak, Harpreet Kaur, Cristina Batlle, Borja Mateos, Mateusz Biesaga, Albert Escobedo, Lídia Bardia, Xavier Verdaguer, Alessandro Ruffoni, Nasrin R. Mawji, Jun Wang, Jon K. Obst, Teresa Tam, Isabelle Brun‐Heath, Salvador Ventura, David Meierhofer, Jesús García, Paul Robustelli, Travis H. Stracker, Marianne D. Sadar, Antoni Riéra, Denes Hnisz, Xavier Salvatella

Notice bibliographique

RevueNature Structural & Molecular Biology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtein Degradation and Inhibitors
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreGenome British ColumbiaUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteAgència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de RecercaNational Institutes of HealthMinisterio de Ciencia e InnovaciónChina Scholarship CouncilInstitute for Research in Biomedicine
Mots-clésTranscription factorCell biologyComputational biologyTranscription (linguistics)Factor (programming language)Domain (mathematical analysis)ChemistryRational designBiologyGeneticsComputer scienceBiochemistryMathematicsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Transcription factors are among the most attractive therapeutic targets but are considered largely 'undruggable' in part due to the intrinsically disordered nature of their activation domains. Here we show that the aromatic character of the activation domain of the androgen receptor, a therapeutic target for castration-resistant prostate cancer, is key for its activity as transcription factor, allowing it to translocate to the nucleus and partition into transcriptional condensates upon activation by androgens. On the basis of our understanding of the interactions stabilizing such condensates and of the structure that the domain adopts upon condensation, we optimized the structure of a small-molecule inhibitor previously identified by phenotypic screening. The optimized compounds had more affinity for their target, inhibited androgen-receptor-dependent transcriptional programs, and had an antitumorigenic effect in models of castration-resistant prostate cancer in cells and in vivo. These results suggest that it is possible to rationally optimize, and potentially even to design, small molecules that target the activation domains of oncogenic transcription factors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,042
Score d'incertitude au seuil0,621

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations71
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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