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Enregistrement W4389335546 · doi:10.32920/24746796

The TPR domain of PgaA is a multifunctional scaffold that binds PNAG and modulates PgaB-dependent polymer processing

2023· preprint· en· W4389335546 sur OpenAlexafffund
Roland Pfoh, Adithya S. Subramanian, Jingjing Huang, Dustin J. Little, Adam Forman, Benjamin R. DiFrancesco, Negar Balouchestani-Asli, Elena N. Kitova, John S. Klassen, Régis Pomès, Mark Nitz, P. Lynne Howell

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEnzyme Production and Characterization
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick Children
Mots-clésPeriplasmic spaceTetratricopeptidePorinChemistryBiophysicsBiochemistryBiofilmBacterial outer membraneBiologyGeneEscherichia coliBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<p>The synthesis of exopolysaccharides as biofilm matrix components by pathogens is a crucial factor for chronic infections and antibiotic resistance. Many periplasmic proteins involved in polymer processing and secretion in Gram-negative synthase dependent exopolysaccharide biosynthetic systems have been individually characterized. The operons responsible for the production of PNAG, alginate, cellulose and the Pel polysaccharide each contain a gene that encodes an outer membrane associated tetratricopeptide repeat (TPR) domain containing protein. While the TPR domain has been shown to bind other periplasmic proteins, the functional consequences of these interactions for the polymer remain poorly understood. Herein, we show that the C-terminal TPR region of PgaA interacts with the de-<em>N-</em>acetylase domain of PgaB, and increases its deacetylase activity. Additionally, we found that when the two proteins form a complex, the glycoside hydrolase activity of PgaB is also increased. To better understand structure-function relationships we determined the crystal structure of a stable TPR module, which has a conserved groove formed by three repeat motifs. Tryptophan quenching, mass spectrometry analysis and molecular dynamics simulation studies suggest that the crystallized TPR module can bind PNAG/dPNAG via its electronegative groove on the concave surface, and potentially guide the polymer through the periplasm towards the porin for export. Our results suggest a scaffolding role for the TPR domain that combines PNAG/dPNAG translocation with the modulation of its chemical structure by PgaB.</p> <p> </p>

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,016
Score d'incertitude au seuil0,625

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,255
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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