Diagnostic Yield and Treatment Impact of Targeted Whole Exome Sequencing in Early Onset Epilepsy (P5.155)
Notice bibliographique
Résumé
Objective: To report the results of whole exome sequencing (WES) on 63 patients with early onset epilepsy of unknown cause, evaluating diagnostic yield and possible treatment implications. Background: Modern genomic technologies, such as targeted high throughput next generation sequencing (tHTS) and WES, enable the identification of pathogenic variants in 10 - 78 [percnt] of selected patients with unexplained epilepsy. The clinical impact is significant, including an earlier diagnosis of disorders with specific treatment implications. Methods: Between December 2014 - September 2015 WES was performed in 63 patients with early onset epilepsy (≤ 5 years) of unknown cause. Patients were classified as retrospective (epilepsy > 6 months) or prospective (epilepsy < 6 months). WES was performed using the Ion AmpliSeq™ Exome Kit and Ion Proton™ System within 2 weeks of receiving samples. Reporting was restricted to variants of 539 genes implicated in epilepsy, including 47 genes with treatment implications. Putative causative mutations were validated by Sanger sequencing. Results: A genetic diagnosis was made in 19 of 63 patients (30[percnt]: 6/15 prospective; 13/48 retrospective), a possible diagnosis was identified in 12 additional patients. Twelve of 63 patients (19[percnt]: 4/12 prospective, 8/12 retrospective; mean age of seizure onset 11 months (range 0-60)) had a diagnosis with treatment implications (SCN1A, POLG, KCNQ2 x6, ATP1A2, SCN1B, BTD, SCN5A). This included initiation of recommended specific treatment or avoidance of anti-seizure medication worsening seizures (e.g. sodium channel antagonists in SCN1A). Of these 12 patients, four (1 prospective, 3 retrospective) had neonatal seizures and six had an epileptic encephalopathy; epilepsy syndromes included Dravet (2), Lennox-Gastaut (1), and Landau-Kleffner (1). Conclusions: Clinical utility of WES in this epilepsy patient cohort was supported with a potential genetic diagnosis in nearly half of the cohort. The genetic diagnosis in 12/63 (19[percnt]) patients with variable epilepsy phenotypes had immediate treatment impacts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».