Anti-tumor target screening of sea cucumber saponin Frondoside A: a bioinformatics and molecular docking analysis
Notice bibliographique
Résumé
Cancer remains the leading cause of death worldwide. In spite of significant advances in targeted and immunotherapeutic approaches, clinical outcomes for cancer remain poor. The aim of the present study was to investigate the potential mechanisms and therapeutic targets of Frondoside A for the treatment of liver, pancreatic, and bladder cancers. The data presented in our study demonstrated that Frondoside A reduced the viability and migration of HepG2, Panc02, and UM-UC-3 cancer cell in vitro . Moreover, we utilized the GEO database to screen and identify for differentially expressed genes (DEGs) in liver, pancreatic, and bladder cancers, which resulted in the identification of 714, 357, and 101 DEGs, respectively. Gene Ontology (GO) analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway annotation were performed using the Metascape database for DEGs that were significantly associated with cancer development. The protein-protein interaction (PPI) networks of the identified DEGs in liver, pancreatic, and bladder cancers were analyzed using Cytoscape 3.9.0 software, and subsequently identified potential key genes that were associated with these networks. Subsequently, their prognostic values were assessed by gene expression level analysis and Kaplan-Meier survival analysis (GEPIA). Furthermore, we utilized TIMER 2.0 to investigate the correlation between the expression of the identified key gene and cancer immune infiltration. Finally, molecular docking simulations were performed to assess the affinity of Frondoside A and key genes. Our results showed a significant correlation between these DEGs and cancer progression. Combined, these analyses revealed that Frondoside A involves in the regulation of multiple pathways, such as drug metabolism, cell cycle in liver cancer by inhibiting the expression of CDK1, TOP2A, CDC20, and KIF20A, and regulates protein digestion and absorption, receptor interaction in pancreatic cancer by down-regulation of ASPM, TOP2A, DLGAP5, TPX2, KIF23, MELK, LAMA3, and ANLN. While in bladder cancer, Frondoside A regulates muscle contraction, complement and coagulation cascade by increase FLNC expression. In conclusion, the present study offers valuable insights into the molecular mechanism underlying the anticancer effects of Frondoside A, and suggests that Frondoside A can be used as a functional food supplement or further developed as a natural anti-cancer drug.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».