Mitochondrial genome sequence of the protist Ancyromonas sigmoides Kent, 1881 (Ancyromonadida) from the Sugluk Inlet, Hudson Strait, Nunavik, Québec
Notice bibliographique
Résumé
Introduction There is little information on evolutionarily ancient eukaryotes, which are often referred to as basal eukaryotes, in Arctic waters. Despite earlier studies being conducted in the Russian White Sea, only few have been reported. Methods Following a shotgun sequence survey of diatom cultures from Sugluk Inlet off the Hudson Strait in Northern Québec, we obtained the complete mitochondrial genome and the operon of nuclear ribosomal RNA genes from a strain that matches that of Ancyromonas sigmoides (Kent, 1881). Results The sequence of the mitogenome retrieved was 41,889 bp in length and encoded 38 protein-coding genes, 5 non-conserved open-reading frames, and 2 rRNA and 24 tRNA genes. The mitogenome has retained sdh2 and sdh3, two genes of the succinate dehydrogenase complex, which are sometimes found among basal eukaryotes but seemingly missing among the Malawimonadidae, a lineage sister to Ancyromonadida in some phylogenies. The phylogeny inferred from the 18S rRNA gene associated A. sigmoides from Sugluk Inlet with several other strains originating from the Arctic. The study also unveiled the presence of a metagenomic sequence ascribed to bacteria in GenBank, but it was clearly a mitochondrial genome with a gene content highly similar to that of A. sigmoides, including the non-conserved open-reading frames. Discussion After re-annotation, a phylogeny was inferred from mitochondrial protein sequences, and it strongly associated A. sigmoides with the misidentified organism, with the two being possibly conspecific or sibling species as they are more similar to one another than to species of the genus Malawimonas. Overall our phylogeny showed that the ice associated ancryomonads were clearly distinct from more southerly strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».