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Enregistrement W4389488555 · doi:10.18061/bssb.v2i1.9358

The Species as a Reproductive Community Emerging From the Past

2023· article· en· W4389488555 sur OpenAlexaff
Wayne P. Maddison, Jeannette Whitton

Notice bibliographique

RevueBulletin of the Society of Systematic Biologists · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant and animal studies
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyReproductive successEcologyDiversification (marketing strategy)Evolutionary biologyReproductive isolationBiodiversityPhylogenetic treeSociologyDemographyPopulationGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Biologists and philosophers of science have been unable to fully resolve the decades-long controversy as to what kind of unit of living biodiversity should receive the valued label “species”: reproductive communities (among sexual organisms), genealogical groups, or clusters of organisms that share traits. Among these choices, which represent a spectrum from process to history to observable outcome (respectively), the latter (more operationalist) concepts are not viable. Species of sexual organisms must embody or imply cohesive and integrating processes such as interbreeding and shared ecological pressures if they are to have sufficient power to bear the burden we give them: to predict or explain traits across the genome and among organisms. This commitment to cohesive process is needed whether biologists use species as taxonomic containers to synthesize data, as minimal phylogenetic units, or as actors in evolutionary diversification. These varied uses can be satisfied via a concept of reproductive community, but not the strict Biological Species Concept (BSC). Its two drawbacks are a focus on the contemporary and a restriction to intrinsic factors. Current reproductive compatibility may predict future matings, but it does not explain well the traits and genes that living organisms already have. The organisms alive today were shaped by isolating factors of the past, not those of the present, to whatever extent those differ. The most broadly-useful species concept must therefore see species retrospectively, as reproductive communities of the past. As well, the BSC’s exclusion of extrinsic factors renders each of its units incomplete in explanation and synthesis. Reproductive communities in nature were isolated not just by intrinsic (genetic) differences, but also by purely extrinsic (e.g., geographic) factors. Such reproductive communities were and are real, natural entities whose integrated and self-reinforcing cohesive processes constrained genealogical descent and aligned the distribution of many traits. This Retrospective Reproductive Community Concept (RRCC), formalized mathematically in multispecies coalescent models, justifies the traditional practice of taxonomists using morphological data to seek the echoes of past reproductive cohesion. However, which reproductive communities naturally deserve to be ranked as species, and which as demes or populations, is a vexing question. There is no natural, discrete and broadly informative species rank that applies universally, or perhaps even usually. To whatever extent species rank is justified, it is as justified for asexual organisms as for sexuals. The presence or absence of sex is just one example of the variability biologists confront. Because cohesive processes vary among clades, a useful and broadly-applicable species concept cannot specify detailed cohesive mechanisms. Nor can it perfectly align the named species of taxonomy with units of evolution, because the latter are not structured to match taxonomy’s partition of boxes. Taxonomic species should approximate, but can only approximate, evolutionary units. Settling on retrospection, letting go of a natural meaning for species rank, and accepting taxonomy as approximation allow biology to turn to the far more daunting task: listening to the natural world to understand the many interacting processes that built distinction and identity, that shaped the reproductive communities emerging out of the past into the present day.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,752
Score d'incertitude au seuil0,941

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,090
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,147 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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