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Enregistrement W4389497891 · doi:10.1101/2023.12.07.570719

Low-Cost 3D-Printed Tools Towards Robust Longitudinal Multi-Modal Pre-Clinical Imaging

2023· preprint· en· W4389497891 sur OpenAlexaff
Nader Allam, Edward Taylor, I. Alex Vitkin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineEngineering
ThématiquePhotoacoustic and Ultrasonic Imaging
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésContext (archaeology)Computer sciencePipeline (software)Translation (biology)Modality (human–computer interaction)ModalModalitiesMagnetic resonance imagingImage resolutionContrast (vision)Window (computing)Medical physicsComputer visionArtificial intelligenceMedicineRadiologyMaterials science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

1 Abstract Window chamber models enable a range of preclinical in-vivo optical studies with high spatial resolution and contrast, most notably probing the tumour microenvironment (TME). However, there are multiple sources of experimental variability that can affect the quality of the resultant data, especially in the context of longitudinal data acquisition, where accurate registration between images acquired at different times is crucial to understanding changes to the spatially heterogeneous TME. Further, it is challenging to correlate the findings of these models to clinical imaging modalities such as magnetic resonance imaging (MRI), which typically have much lower resolution and derive contrast from different physical mechanisms; yet such correlations may assist in the translation of window-chamber-derived basic preclinical insights into the clinic. Here, we describe the development and construction of a low-cost 3D-printable window chambers and compatible toolset to improve the accuracy, precision, and repeatability of longitudinal pre-clinical imaging and inter-modality co-registration at different spatial resolution scales. Such improvements in our novel multi-modal experimental pipeline may assist researchers in the acquisition and translation of TME biomarkers and other pre-clinical measurements from the window chamber model into the clinic.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,046
Tête enseignante GPT0,273
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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