Global genetic diversity and historical demography of the Bull Shark
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim Biogeographic boundaries and genetic structuring have important effects on the inferences and interpretation of effective population size ( N e ) temporal variations, a key genetics parameter. We reconstructed the historical demography and divergence history of a vulnerable coastal high‐trophic shark using population genomics and assessed our ability to detect recent bottleneck events. Location Western and Central Indo‐Pacific (IPA), Western Tropical Atlantic (WTA) and Eastern Tropical Pacific (EPA). Taxon Carcharhinus leucas (Müller & Henle, 1839). Methods A DArTcap™ approach was used to sequence 475 samples and assess global genetic structuring. Three demographic models were tested on each population, using an ABC‐RF framework coupled with coalescent simulations, to investigate within‐cluster structure. Divergence times between clusters were computed, testing multiple scenarios, with fastsimcoal . N e temporal variations were reconstructed with STAIRWAYPLOT. Coalescent simulations were performed to determine the detectability of recent bottleneck under the estimated historical trend for datasets of this size. Results Three genetic clusters corresponding to the IPA, WTA and EPA regions were identified, agreeing with previous studies. The IPA presented the highest genetic diversity and was consistently identified as the oldest. No significant within‐cluster structuring was detected. N e increased globally, with an earlier onset in the IPA, during the last glacial period. Coalescent simulations showed that weak and recent bottlenecks could not be detected with our dataset, while old and/or strong bottlenecks would erase the observed ancestral expansion. Main Conclusions This study further confirms the role of marine biogeographic breaks in shaping the genetic history of large mobile marine predators. N e historical increases in N e are potentially linked to extended coastal habitat availability. The limited within‐cluster population structuring suggests that N e can be monitored over ocean basins. Due to insufficient amount of available genetic data, it cannot be concluded whether overfishing is impacting Bull Shark genetic diversity, calling for whole‐genome sequencing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».