Nucleolar Pol II interactome reveals TBPL1, PAF1, and Pol I at intergenic rDNA drive rRNA biogenesis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Nucleolar ribosomal DNA (rDNA) repeats control ribosome manufacturing. rDNA harbors a ribosomal RNA (rRNA) gene and an intergenic spacer (IGS). RNA polymerase (Pol) I transcribes rRNA genes yielding the rRNA components of ribosomes. Pol II at the IGS induces rRNA production by preventing Pol I from excessively synthesizing IGS non-coding RNAs (ncRNAs) that can disrupt nucleoli. At the IGS, Pol II regulatory processes and whether Pol I function can be beneficial remain unknown. Here, we identify IGS Pol II regulators, uncovering nucleolar optimization via IGS Pol I. Compartment-enriched proximity-dependent biotin identification (compBioID) showed enrichment of the TATA-less promoter-binding TBPL1 and transcription regulator PAF1 with IGS Pol II. TBPL1 localizes to TCT motifs, driving Pol II and Pol I and maintaining its baseline ncRNA levels. PAF1 promotes Pol II elongation, preventing unscheduled R-loops that hyper-restrain IGS Pol I and its ncRNAs. PAF1 or TBPL1 deficiency disrupts nucleolar organization and rRNA biogenesis. In PAF1-deficient cells, repressing unscheduled IGS R-loops rescues nucleolar organization and rRNA production. Depleting IGS Pol I-dependent ncRNAs is sufficient to compromise nucleoli. We present the interactome of nucleolar Pol II and show its control by TBPL1 and PAF1 ensures IGS Pol I ncRNAs maintaining nucleolar structure and operation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».