Evaluation of phenotypic and genotypic methods for the identification and characterisation of bacterial isolates recovered from catheter-associated urinary tract infections
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Purpose Urinary tract infections are the most common type of hospital-acquired infection, up to 80% of which are associated with catheterisation. The present study evaluates phenotypic and genomic characterisation of a panel of catheter associated urinary tract infection isolates from a UK hospital. Methods Strains were identified and characterised utilising a range of phenotypic and genomic techniques to understand where methodologies agree. The effect of medium composition on growth and biofilm formation phenotype was also determined to evidence the importance of assay design in characterisation of bacterial isolates. Results No consensus was observed for any of the CAUTI isolates across five identification methods, including biochemical testing, MALDI and sequencing technologies. Comparison of EUCAST antimicrobial susceptibility testing and genotypic data for antibiotic resistance showed high concordance where strains were phenotypically resistant to multiple antibiotic classes, however discordance increased for strains that were phenotypically sensitive to range of antibiotics. Phenotypic analysis of bacterial pathogens often relies on the use of rich laboratory media; however, we observed significant differences in growth rate and biofilm formation within a range of media, with a trend towards comparatively low planktonic growth and significant biofilm biomass formation in artificial urine. Conclusion This study emphasises potential pitfalls of relying on a single method of species identification, with only whole genome sequencing providing accurate identification of isolates to species level. Furthermore, it highlights the continuing importance of utilising phenotypic methods to understand antibiotic resistance within clinical settings and of utilising clinically relevant conditions for pathogen characterisation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».