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Enregistrement W4389615926 · doi:10.1007/s00214-023-03077-7

Uncovering the mechanism of selective stabilization of high-energy diastereoisomers via inclusion

2023· article· en· W4389615926 sur OpenAlexafffund
Meagan S. Oakley, Madaline R. Oakes, Brian D. Wagner, Jason K. Pearson

Notice bibliographique

RevueTheoretical Chemistry Accounts · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueSupramolecular Chemistry and Complexes
Établissements canadiensUniversity of Prince Edward Island
Organismes subventionnairesBasic Energy SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAtlantic Canada Opportunities AgencyCompute CanadaUniversity of MinnesotaU.S. Department of Energy
Mots-clésDiastereomerCyclamChemistryMoleculeSupramolecular chemistryCrystallographyComputational chemistryStereochemistryOrganic chemistryMetal

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Supramolecular systems may be used to stabilize otherwise unstable isomers to find alternative synthetic pathways. It has been reported that cucurbit[8]uril can stabilize trans-I and trans-II Cu $$^{{\textrm{II}}}$$ II cyclam, whereas trans-III is the only non-substituted trans Cu $$^{{\textrm{II}}}$$ II cyclam diastereoisomer found outside of the host molecule experimentally. Quantum chemistry methods can provide valuable insight into the intermolecular interactions involved in these inclusion complexes. All five possible trans diastereoisomers of Cu $$^{{\textrm{II}}}$$ II cyclam were studied within the host molecule to calculate the interaction energy and free energy of association for each complex. The relative free energies of the five free cyclams confirm that trans-I and trans-II are the most energetically accessible diastereoisomers from the initial trans-III starting point. Energy decomposition analysis was used to identify the attractive and repulsive interactions between cyclam and cucurbit[8]uril and showed that trans-II encounters repulsive forces almost three times greater than trans-I, which may explain the 7:3 ratio of trans-I to trans-II within cucurbit[8]uril that occurs experimentally. Optimized complex geometries with trans-III, IV, and V show that the cyclams protrude out of cucurbit[8]uril, whereas trans-I and trans-II become more encapsulated and elongate the host, suggesting that the position of the cyclam is extremely important when forming non-covalent interactions. Our results agree with the experimental findings and provide greater insight into why the most stable isolated cyclam diastereoisomer, trans-III, does not form a complex.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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