The complete chloroplast genome of <i>Aristolochia fangchi</i> provided insights into the phylogeny and species identification of <i>Aristolochia</i>
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Notice bibliographique
Résumé
Aristolochia fangchi is an important species within the family Aristolochiaceae, most of which contain nephrotoxic aristolochic acid. The inadvertent use of Aristolochiaceae plants as raw ingredients in the manufacturing of patent medicine poses a significant risk warranting considerable attention. In this study, we assembled and analyzed the complete chloroplast genome of Aristolochia fangchi, which is a 159 867 bp long circular molecule. Functional annotation of the A. fangchi plastome unveiled a total of 113 genes, including 79 protein-coding genes, 30 tRNA genes, and 4 rRNA genes. Subsequently, a series of genome structure and characteristic evaluations were conducted against the A. fangchi plastome. Further phylogenetic analysis suggested that a plausible phylogenetic relationship among Aristolochiaceae derived from the concatenated sequences of shared conserved genes rather than from the entire chloroplast genome with one IR copy. Finally, a DNA polymorphism assessment against a dozen Aristolochia plastomes yielded multiple potential regions for biomarker designation. Six pairs of primers were generated and underwent both in silico and actual PCR validations. In conclusion, this study identified the unique characteristics of the A. fangchi plastome, providing invaluable insights for further investigations on species identification and the phylogeny evolution between A. fangchi and its related species.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle