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Enregistrement W4389686861 · doi:10.3390/curroncol30120761

Regulatory and Interacting Partners of PDLIM7 in Thyroid Cancer

2023· article· en· W4389686861 sur OpenAlexvenueno aff
Kristiana Rood, Celina Romi Yamauchi, Umang Sharma, Ria T. Laxa, Collin Robins, G. M. Lanza, Kidianys Sánchez-Ruiz, Aminah Khan, Hae Soo Kim, Andrea Shields, Kari Kennedy, Saied Mirshahidi, Mia C. Perez, Anthony Firek, Iqbal Munir, Alfred Simental, Salma Khan

Notice bibliographique

RevueCurrent Oncology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesLoma Linda University
Mots-clésDownregulation and upregulationThyroid cancerProtein kinase BmicroRNACancer researchGenePI3K/AKT/mTOR pathwayCancerPapillary thyroid cancerBiologyMedicineGeneticsSignal transduction

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Enigma protein, encoded by the PDLIM7 gene, is overexpressed in thyroid cancer in a stage-dependent manner, suggesting a potential involvement in the initiation and progression of thyroid cancer. The Enigma interacts with several cellular pathways, including PI3K/AKT, MDM2, and BMP-1. The Enigma is regulated by microRNAs. Specifically, we showed that the Enigma protein upregulation corresponds to the downregulation of Let-7 family genes. There is limited research on the interactions and regulation of the Enigma with other proteins/genes in thyroid cancer tissues, indicating a gap in current knowledge. Our aim is to establish the Enigma as a biomarker. We also aim to study the interacting partners of the Enigma signaling pathways and their probable miRNA regulation in thyroid cancer progression. Using Western blotting, densitometric analysis, immunoprecipitation (IP), and reverse IP, we detected the protein expression and protein–protein interactions in the corresponding papillary thyroid carcinomas (PTCs). Utilizing real-time qPCR assay and Pearson’s correlation test, we highlighted the correlation between PDLIM7 and Let-7g gene expression in the same tissues. The results showed the differential upregulations of the Enigma protein in different stages of PTCs compared to benign tissues along with AKT, VDR, BMP-1, and MDM2 proteins. Loss of DBP was observed in a subset of PTCs. Strong interactions of the Enigma with PI3K/AKT and MDM2 were noted, along with a weaker BMP-1 interaction. Pearson’s correlation coefficient analysis between PDLIM7 and let-7g gene expression was significant (p < 0.05); however, there was a weak inverse correlation (r = −0.27). The study suggests the potential utility of the PDLIM7-qPCR assay as a biomarker for thyroid cancer. The Enigma’s interactions with key signaling pathways may provide valuable insights into the development of thyroid cancer. The study contributes to understanding the molecular mechanisms involving the Enigma protein in thyroid cancer and highlights its potential as a biomarker.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,106
Tête enseignante GPT0,470
Écart entre enseignants0,364 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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