Phylogenomic and phenotypic analyses highlight the diversity of antibiotic resistance and virulence in both human and non-human <i>Acinetobacter baumannii</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Acinetobacter baumannii is a Gram-negative opportunistic pathogen causing infections of the immunocompromised. With a high incidence of muti-drug resistance, carbapenem-resistant A. baumannii is as a priority 1 pathogen designated by the WHO. The current literature has expertly characterized clinical isolates of A. baumannii. As the challenge of these infections has recently been classified as a One Health issue, we set out to explore the diversity of isolates from human and non-clinical sources such as agricultural surface water, urban streams, various effluents from wastewater-treatment plants and tank milk; and, importantly, these isolates came from a wide geographic distribution. Phylogenomic analysis considering almost 200 isolates showed that our diverse set is well-differentiated from the main international clones of A. baumannii . We discovered novel sequence types in both hospital and non-clinical settings, and five strains that overexpress the RND efflux pump adeIJK without changes in susceptibility. Further, we detected a bla ADC-79 in a non-human isolate despite its sensitivity to all antibiotics. There was no significant differentiation between the virulence profiles of clinical and non-clinical isolates in the Galleria mellonella insect model of virulence suggesting that virulence is neither dependent on geographic origin nor isolation source. Detection of antibiotic resistance and virulence genes in non-human strains suggests that these isolates may act as a genetic reservoir for clinical strains. This endorses the notion that in order to combat multi-drug resistant infection caused by A. baumannii, a One Health approach is required, and a deeper understanding of non-clinical strains must be achieved. Importance The global crisis of antibiotic resistance is a silent one. More and more bacteria are becoming resistant to all antibiotics available for treatment, leaving no options remaining. This includes Acinetobacter baumannii. This Gram-negative opportunistic pathogen shows a high frequency of multi-drug resistance, and many strains are resistant to last-resort drugs carbapenem and colistin. Research has focused on strains of clinical origin, but there is a knowledge gap regarding virulence traits, particularly, how A. baumannii become the notorious pathogen of today. Antibiotic resistance and virulence genes have been detected in strains from animals, and environmental locations such as grass and soil. As such, A. baumannii is a One Health concern which includes the health of humans, animals and the environment. Thus, in order to truly combat the antibiotic resistance crisis, we need to understand antibiotic resistance and virulence gene reservoirs of this pathogen under the One Health continuum. Repositories NCBI GenBank Accession numbers: Bioproject PRJNA819071, Biosamples SAMN26898552 - SAMN26898587.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».