Phylogenomics resolves key relationships in <i>Rumex</i> and uncovers a dynamic history of independently evolving sex chromosomes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Sex chromosomes have evolved independently many times across eukaryotes. Despite a considerable body of literature on the evolution of sex chromosomes, the causes and consequences of variation in the formation, degeneration, and turnover of sex chromosomes remain poorly understood. Comparative approaches in groups with sexual system variation can be valuable for understanding these questions. Plants are well-suited to such comparative studies, with many lineages containing relatively recent origins of dioecy and sex chromosomes as well as hermaphroditic close relatives. Rumex is a diverse genus of flowering plants harboring significant sexual system variation, including hermaphroditic and dioecious clades with XY sex chromosomes. Previous disagreement in the phylogenetic relationships among key species have rendered the history of sex chromosome evolution uncertain. Resolving this history is important to the development of Rumex as a system for the comparative study of sex chromosome evolution. Here, we leverage new transcriptome assemblies from 11 species representing the major clades in the genus, along with a whole-genome assembly generated for a pivotal hermaphroditic species, to further resolve the phylogeny and history of sex chromosome evolution in Rumex . Using phylogenomic approaches, we find evidence for two independent origins of sex chromosomes and introgression from unsampled taxa in the genus. Comparative genomics reveals massive chromosomal rearrangements in a dioecious species, with evidence for a complex origin of the sex chromosomes through multiple chromosomal fusions. However, we see no evidence of elevated rates of fusion on the sex chromosome in comparison with autosomes, providing no support for an adaptive hypothesis for the sex chromosome expansion. Overall, our results highlight the dynamic nature of sex chromosome systems in Rumex and illustrate the utility of the genus as a model for the comparative study of sex chromosome evolution.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».