Development of novel LAMP and qPCR assays for rapid and specific identification of Bronze birch borer (<i>Agrilus anxius</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Buprestids are an emerging threat to broadleaf forests across the world. Bronze birch borer (Agrilus anxius, BBB) poses a serious threat to European birch species if the insect were to be introduced. Due to their cryptic lifestyle feeding on the vascular tissue of their host plants, buprestids and other wood borers can be difficult to observe or detect. Early detection tools are vital to swiftly implement eradication measures and prevent the establishment of introduced species. In this study, we developed novel qPCR and LAMP assays for BBB and investigated the specificity and sensitivity for their use as early detection tools in European forests. Plant chemicals may limit these assays, so we conducted sensitivity testing with extracted foliage and plant vascular tissues to determine potential inhibition effects on DNA amplification. Both assays were specific to the target species when tested against the DNA of 17 other European Agrilus/buprestid species, two Scolytinae, and five Cerambycids (N = 24). Both assays varied in sensitivity with the qPCR assay amplifying at a concentration as low as 20 fg/μL, whereas the LAMP assay amplified as low as 3.2 pg/μL. Plant chemicals in DNA extracts from leaves did not impact the sensitivity of either assay, reaching similar detection levels. In contrast, vascular tissue reduced the sensitivity of the LAMP assay, amplifying as low as 0.04 ng/μL compared with 0.008 ng/μL in the control. These results demonstrate that both assays are highly specific and sensitive tools that can be used to detect frass and identify larvae as well as monitor the spread of A. anxius. qPCR resulted in more sensitive than LAMP overall. Thus, if results are needed quickly to make fast management decisions or as an initial screening of samples, the LAMP method is optimal. However, if fine detection is critical, then qPCR is preferential.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».