Noninvasive sampling of the small intestinal chyme for microbiome, metabolome and antimicrobial resistance genes in dogs, a proof of concept
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The gastrointestinal microbiome and metabolome vary greatly throughout the different segments of the gastrointestinal tract, however current knowledge of gastrointestinal microbiome and metabolome in health and disease is limited to fecal samples due to ease of sampling. The engineered Small Intestinal MicroBiome Aspiration (SIMBA™) capsule allows specific sampling of the small intestine in humans. We aimed to determine whether administration of SIMBA™ capsules to healthy beagle dogs could reliably and safely sample the small intestinal microbiome and metabolome when compared to their fecal microbiome and metabolome. RESULTS: Eleven beagle dogs were used for the study. Median transit time of capsules was 29.93 h (range: 23.83-77.88). Alpha diversity, as measured by the Simpson diversity, was significantly different (P = 0.048). Shannon diversity was not different (P = 0.114). Beta diversity results showed a significant difference between capsule and fecal samples regarding Bray-Curtis, weighted and unweighted unifrac (P = 0.002) and ANOSIM distance metric s (R = 0.59, P = 0.002). In addition to observing a statistically significant difference in the microbial composition of capsules and feces, distinct variation in the metabolite profiles was seen between the sample types. Heat map analysis showed 16 compounds that were significantly different between the 2 sampling modes (adj-P value ranged between 0.004 and 0.036) with 10 metabolites more abundant in the capsule than in the feces and 6 metabolites more abundant in the feces compared to the capsules. CONCLUSIONS: The engineered Small Intestinal MicroBiome Aspiration (SIMBA™) capsule was easy and safe to administer to dogs. Microbiome and metabolome analysis from the capsule samples were significantly different than that of the fecal samples and were like previously published small intestinal microbiome and metabolome composition.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle