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Enregistrement W4389871054 · doi:10.1101/2023.12.16.23300062

Towards cascading genetic risk in Alzheimer’s disease

2023· preprint· en· W4389871054 sur OpenAlexfundno aff
André Altmann, Leon Aksman, Neil P. Oxtoby, Alexandra L. Young, Daniel C. Alexander, Frederik Barkhof, Maryam Shoai, John Hardy, Jonathan M. Schott

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueHealth, Environment, Cognitive Aging
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Research, Development and Innovation OfficeMedical Research CouncilMinistero della SaluteWellcome TrustAgence Nationale de la RechercheBritish Heart FoundationUniversity College LondonUK Research and InnovationNational Institute for Health and Care ResearchEU Joint Programme – Neurodegenerative Disease ResearchWeston Brain InstituteZonMwBrain Research UKAlzheimer's Association
Mots-clésDiseaseMedicineGeneticsBiologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Alzheimer’s disease typically progresses in stages, which have been defined by the presence of disease-specific biomarkers: Amyloid (A), Tau (T) and neurodegeneration (N). This progression of biomarkers has been condensed into the ATN framework, where each of the biomarkers can be either positive (+) or negative (-). Over the past decades genome wide association studies have implicated about 90 different loci involved with the development of late onset Alzheimer’s disease. Here we investigate whether genetic risk for Alzheimer’s disease contributes equally to the progression in different disease stages or whether it exhibits a stage-dependent effect. Amyloid (A) and tau (T) status was defined using a combination of available PET and CSF biomarkers in the Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative cohort. In 312 participants with biomarker-confirmed A-T- status, we employed Cox proportional hazards models to estimate the contribution of APOE and polygenic risk scores (beyond APOE ) to convert to A+T- status (65 conversions). Furthermore, we repeated the analysis in 290 participants with A+T- status and investigated the genetic contribution to conversion to A+T+ (45 conversions). Both survival analyses were adjusted for age, sex, and years of education. For progression from A-T- to A+T-, APOE-e4 burden showed significant effect (HR=2.88; 95% CI: 1.70-4.89; P<0.001), while polygenic risk did not (HR=1.09; 95% CI: 0.84-1.42; P=0.53). Conversely, for the transition from A+T- to A+T+, the APOE-e4 burden contribution was reduced (HR=1.62 95% CI: 1.05-2.51; P=0.031), while the polygenic risk showed an increased contribution (HR=1.73; 95% CI:1.27-2.36; P<0.001). The marginal APOE effect was driven by e4 homozygotes (HR=2.58; 95% CI: 1.05-6.35; P=0.039) as opposed to e4 heterozygotes (HR=1.74; 95% CI: 0.87-3.49; P=0.12). The genetic risk for late-onset Alzheimer’s disease unfolds in a disease stage-dependent fashion. A better understanding of the interplay between disease stage and genetic risk can lead to a more mechanistic understanding of transition between ATN stages, a better understanding of the molecular processes leading to Alzheimer’s disease as well as opening therapeutic windows for targeted interventions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,032
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,051
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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