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Enregistrement W4390009267 · doi:10.1002/adom.202302564

Computational Design of Synthetic Optical Barcodes in Microdroplets

2023· article· en· W4390009267 sur OpenAlex
Fumiko Kawasaki, Takahiro Mimori, Yuka Mori, Hiroyuki Aburatani, Nozomu Yachie, Issei Sato, Sadao Ota

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueAdvanced Optical Materials · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCore Research for Evolutional Science and TechnologyNoguchi Memorial Institute for Medical Research, University of GhanaJapan Society for the Promotion of ScienceSenri Life Science FoundationRIKENUniversity of TokyoUehara Memorial FoundationSecom Science and Technology FoundationTateisi Science and Technology FoundationNaito FoundationCanon Foundation in Europe
Mots-clésBarcodeComputer scienceDecoding methodsMultiplexingBiological systemMaterials scienceArtificial intelligenceAlgorithmBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Barcodes are useful for identifying objects across time, space, and information modalities. However, materializing and decoding optical and multimodal barcodes on microscopic objects remains difficult despite the increasing need for multiplexed cell analysis. Here, a computational design of randomly combinatorial is presented, yet decodable barcodes in microdroplets. The design is based on a novel Real2Sim2Real framework: it first collects experimental images of optically distinct microparticles, then simulates massive combinatorial images by randomly assembling the imaged particles to train a neural network‐based decoder. It is demonstrated that the decoder, even though trained via simulation, accurately identifies the randomly assembled particles in real hydrogel microdroplets. It also shows that the microdroplets with an additional DNA barcoding functionality are applicable to individually link independently measured microscopic images and transcriptome profiles of pooled single cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil0,469

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle