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Enregistrement W4390047018 · doi:10.1371/journal.pcbi.1011689

Ten simple rules for writing a PLOS Computational Biology quick tips article

2023· article· en· W4390047018 sur OpenAlexaff
Patricia M. Palagi, Russell Schwartz, Scott Markel, B. F. Francis Ouellette

Notice bibliographique

RevuePLoS Computational Biology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics, Bioinformatics, and Biomedical Research
Établissements canadiensBioinformatics Solutions (Canada)
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSimple (philosophy)Computer scienceComputational biologyBiologyData scienceEpistemology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

At that time, the change in how we communicate sciences had already begun [2]: social media was blooming, the information deluge was ongoing, and the fear of missing information was anchored in each of us.The Ten Simple Rules collection filled a space in scientific publications where researchers eager to share their experiences, wisdom, and doubts could quickly do it using a colloquial narrative.The topics covered were broad themes in scientific practice, such as soft skills and career development, captured in a concise and quick-to-read format, something between a blog post and a scientific article.This type of article attracted much interest from readers.In 2018, the collection reached the milestone of 1,000 Rules [3], and today this figure is above 250 papers (2,500 Rules!) [4].With the increase of technical and scientific topics, in 2013, PLOS Computational Biology tried a new experience with a similar format-we introduced "Quick Tips" (QT) articles-with the attempt to make a clear distinction between the more specific and focused scientific activities and skills presented with resources, databases, and other tools in Quick Tips versus the broader themes presented in a Ten Simple Rules article."Ten Simple Rules for Writing a PLOS Ten Simple Rules Article" [5] explains the Ten Simple Rules concept, format, and reasoning very well and is still relevant today.Inspired by that article, we wrote this Ten Simple Rules paper intending to accomplish a similar task: explaining to our community what a Quick Tips article is about and how a Quick Tips article differs from a Ten Simple Rules article.The authors are the Section Editors of the Education Collection (PP and BFFO), which encompasses the Quick Tips, and the Section Editors of the Ten Simple Rules Collection (RS and SM).In our work at PLOS CB, we are routinely deliberating the merits of a submission being a Ten Simple Rules or a Quick Tips, and for this reason, we decided to put these Ten Simple Rules about Quick Tips together.Historically, several papers were submitted as Ten Simple Rules that should have been Quick Tips.Still, we will refrain from commiserating about things not done but rather present what we hope will be a clear distinction that will make it obvious in the future why articles are best considered as Quick Tips versus Ten Simple Rules (or vice-versa).We hope and plan for this present article to be helpful for future writers willing to contribute to this collection and to help clarify the differences between Ten Simple Rules and Quick Tips.Why is this not a Quick Tips article but a Ten Simple Rules article, and why are we not as endearing as Dashnow, Lonsdale, and Bourne were in doing a "Ten Quick Tips for Writing a PLOS Quick Tips Article"?The reason is simple.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,065
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,302
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Présentation des résultats · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,935
Score d'incertitude au seuil0,342

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0650,302
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0070,005
Études des sciences et des technologies0,0060,011
Communication savante0,0170,012
Science ouverte0,0040,011
Intégrité de la recherche0,0060,014
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0320,025

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,284 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
DomainePrésentation des résultats
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
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