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Enregistrement W4390064787 · doi:10.1016/j.jksus.2023.103076

Comprehensive in silico discovery of c-Src tyrosine kinase inhibitors in cancer treatment: A unified approach combining pharmacophore modeling, 3D QSAR, DFT, and molecular dynamics simulation

2023· article· en· W4390064787 sur OpenAlex
Saida Khamoulı, Md Tabish Rehman, Nadjiba Zegheb, Afzal Hussain, Meraj A. Khan

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueJournal of King Saud University - Science · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesKing Saud University
Mots-clésPharmacophoreLipinski's rule of fiveVirtual screeningQuantitative structure–activity relationshipComputational biologyChemistryProto-oncogene tyrosine-protein kinase SrcTyrosine kinaseIn silicoMolecular dynamicsReceptor tyrosine kinaseDocking (animal)PubChemDrug discoveryStereochemistryKinaseBiochemistryBiologyComputational chemistrySignal transductionMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

To investigate c-Src, a non-receptor tyrosine kinase dysregulated in various cancer types including colon, breast, and pancreatic cancers, as a potential drug target for cancer therapy. Ligand-based pharmacophore modeling and 3D-QSAR analysis on a dataset of 34 c-Src tyrosine kinase inhibitors were employed. The established pharmacophore model (DDRRR_1) features two hydrogen bond donor (D) and three aromatic ring (R) features, exhibiting favorable parameters (R2 = 0.926; Q2 = 0.895; F value = 47.9). Hypothesis validation, enrichment analysis, and contour plot analysis were conducted, followed by virtual screening of a PubChem database using the optimized pharmacophore model and filtering based on the Lipinski rule of five. The most promising inhibitors underwent multistep molecular docking, density Functional Theory (DFT) analysis, ADMET assessments, molecular dynamics simulation, and PCA. CID_70144047 emerged as the most promising hit with all the above favorable properties. The study provides a comprehensive approach for identifying novel c-Src tyrosine kinase inhibitors, highlighting CID_70144047 as a promising leads with potential therapeutic applications in cancer treatment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,156
Score d'incertitude au seuil0,582

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,003
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,002
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,317
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle