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Enregistrement W4390080194 · doi:10.1101/2023.12.20.23300096

Human ASXL1 Deficiency Causes Epigenetic Dysfunction, Combined Immunodeficiency and EBV–Associated Hodgkin Lymphoma

2023· preprint· en· W4390080194 sur OpenAlexafffund
Maggie P. Fu, Mehul Sharma, Sarah M. Merrill, Pariya Yousefi, Ryan Tan, Bhavi P. Modi, Kate L. Del Bel, Rebecca Deyell, Jacob Rozmus, Wingfield Rehmus, Kyla J. Hildebrand, Elliot James, Géraldine Blanchard‐Rohner, Susan Lin, Kevin E. Shopsowitz, Audi Setiadi, Jefferson Terry, Anna F. Lee, Britt I. Drögemöller, Allison Matthews, Maja Tarailo‐Graovac, Laura Sauvé, Hana Mitchell, Julie Prendiville, Julie L. MacIsaac, Kristy Dever, David Lin, Mandy Meijer, Colin J.D. Ross, Simon R. Dobson, Suzanne Vercauteren, Wyeth W. Wasserman, Clara D.M. van Karnebeek, Margaret L. McKinnon, Michael S. Kobor, Stuart E. Turvey, Catherine M. Biggs

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensAlberta Children's HospitalUniversity of CalgaryUniversity of ManitobaUniversity of TorontoBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchGenome British ColumbiaMichael Smith Health Research BCBC Children's HospitalChildren's Hospital Foundation
Mots-clésBiologyImmunodeficiencyEpigeneticsImmunologyLymphomaDNA methylationSevere combined immunodeficiencyCancer researchImmunophenotypingImmune systemGeneticsGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Inborn errors of immunity (IEI) are a group of disorders caused by deleterious variants in immune-related genes, including some that function as epigenetic regulators. Additional sex combs-like 1 (ASXL1) is an epigenetic modifier that has not previously been linked to an IEI. Somatic ASXL1 variants are found in clonal hematopoiesis and hematologic neoplasms, while heterozygous germline variants cause Bohring–Opitz syndrome. We present a new IEI caused by biallelic germline variants in ASXL1 . The patient had a complex and unusual history of disease progression notable for persistent cutaneous vaccine-strain rubella granulomas initially manifesting in early childhood, chronic macrocytosis and mild bone marrow cellular hypoplasia, and Epstein Barr virus– associated Hodgkin lymphoma in adolescence. Detailed immunophenotyping revealed progressive loss of B-cells, hypogammaglobinemia, and T-cell lymphopenia with severe skewing toward a memory phenotype and elevated expression of T-cell exhaustion and senescence markers. Molecular investigations confirmed ASXL1 protein deficiency in the patient’s T-cells and fibroblasts. The T-cells exhibited marked loss of DNA methylation, increased epigenetic aging, and CD8 T-cell dysfunction. These aberrations were ameliorated by lentivirus-mediated transduction with wild-type ASXL1 , confirming the pathogenicity of ASXL1 variants. This study defines a novel human IEI caused by ASXL1 deficiency, a diagnosis that should be considered in individuals with chronic viral infections, virus-associated hematologic malignancies, and combined immunodeficiency. Furthermore, our findings provide fresh insights into the mechanisms underlying the roles of human ASXL1 in T-cell function as well as in the development and maintenance of lymphomas.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Études des sciences et des technologies, Intégrité de la recherche, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,828
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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