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Enregistrement W4390080811 · doi:10.1101/2023.12.20.572362

Attenuating ABHD17 isoforms augments the <i>S</i> -acylation and function of NOD2 and a subset of Crohn’s disease-associated NOD2 variants

2023· preprint· en· W4390080811 sur OpenAlexafffundabout
Charneal L. Dixon, Noah R. Martin, Micah J. Niphakis, Benjamin F. Cravatt, Gregory D. Fairn

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Response and Inflammation
Établissements canadiensDalhousie UniversitySt. Michael's Hospital
Organismes subventionnairesNational Institutes of HealthCanadian Institutes of Health ResearchCoventry UniversityKenneth Rainin Foundation
Mots-clésNOD2PalmitoylationCell biologyPeptidoglycanEndosomeSignal transductionBiologyChemistryBiochemistryIntracellularInnate immune systemReceptorEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT BACKGROUND AND AIMS NOD2 is an intracellular innate immune receptor that detects bacterial peptidoglycan fragments. Although nominally soluble, some NOD2 is associated with the plasma membrane and endosomal compartments for microbial surveillance. This membrane targeting is achieved through post-translational S - acylation of NOD2 by the protein acyltransferase ZDHHC5. Membrane attachment is necessary to initiate a signaling cascade in response to cytosolic peptidoglycan fragments. Ultimately, this signaling results in the production of antimicrobial peptides and proinflammatory cytokines. In most cases, S -acylation is a reversible post- translational modification with removal of the fatty acyl chain catalyzed by one of several acyl protein thioesterases. Deacylation of NOD2 by such an enzyme will displace it from the plasma membrane and endosomes, thus preventing signaling. METHODS To identify the enzymes responsible for NOD2 deacylation, we used engineered cell lines with RNA interference and small-molecule inhibitors. These approaches were combined with confocal microscopy, acyl-resin-assisted capture, immunoblotting, and cytokine multiplex assays. RESULTS We identified α/β-hydrolase domain-containing protein 17 isoforms (ABHD17A, ABHD17B, and ABHD17C) as the acyl protein thioesterases responsible for NOD2 deacylation. Inhibiting ABHD17 increased the plasma membrane localization of wild-type NOD2 and a subset of poorly acylated Crohn’s disease-associated variants. This enhanced NOD2 activity, increasing NF-κB activation and pro-inflammatory cytokine production in epithelial cells. CONCLUSIONS These findings demonstrate that ABHD17 isoforms are negative regulators of NOD2. The results also suggest that targeting ABHD17 isoforms could restore functionality to specific Crohn’s disease-associated NOD2 variants, offering a potential therapeutic strategy. Grant Support This work was supported by a Project Grant from the Canadian Institutes of Health Research (grant no.: PJT166010; to G.D.F.), an Innovator Award from the Kenneth Rainin Foundation, and a grant from the National Institutes of Health, (R01CA193994 to B.F.C). A Tier 1 Canada Research Chair supports G.D.F. in Multiomics of Lipids and Innate Immunity. C.L.D. was supported by a Breakthrough Accelerator Fellowship from the Dalhousie Medical Research Foundation/Medical Research Development Office. N.M is a recipient of a graduate scholarship from the I3V Wave and the Dalhousie Medical Research Development Office. Disclosures The authors declare that the research was conducted in the absence of any commercial or financial relationships that could be construed as a potential conflict of interest. SYNOPSIS The peptidoglycan sensor NOD2 requires post-translational S -acylation to associate with cellular membranes and transduce signals. This study identified the ABHD17 family of thioesterases as responsible for NOD2 deacylation and inactivation. Inhibiting or silencing ABHD17 isoforms increases S -acylation and functionality of NOD2 and a subset of Crohn’s disease-associated variants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,211
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2023
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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