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Enregistrement W4390146367 · doi:10.1016/j.jacig.2023.100203

Exploring gastric cancer genetics: A turning point in common variable immunodeficiency

2023· article· en· W4390146367 sur OpenAlexaff
Silvia Sánchez‐Ramón, Jesús Fuentes‐Antrás, Nicholas L. Rider, Pedro Pérez‐Segura, E. de la Fuente, Miguel Fernández‐Arquero, Esmeralda Neves, Rebeca Pérez de Diego, Alberto Ocaña, Kissy Guevara‐Hoyer

Notice bibliographique

RevueJournal of Allergy and Clinical Immunology Global · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity Health Network
Organismes subventionnairesEuropean Social FundInstituto de Salud Carlos IIISociedad Española de Oncología MédicaNational Institutes of HealthTakeda Pharmaceutical Company
Mots-clésCommon variable immunodeficiencyBiologyCancerTranscriptomeCarcinogenesisGeneGeneticsGermlineTumor progressionCancer researchGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Gastric cancer (GC) stands as a prominent cause of cancer-related mortality and ranks second among the most frequently diagnosed malignancies in individuals with common variable immunodeficiency (CVID). Objective: We sought to conduct a comprehensive, large-scale genetic analysis to explore the CVID-associated germline variant landscape within gastric adenocarcinoma samples and to seek to delineate the transcriptomic similarities between GC and CVID. Methods: We investigated the presence of CVID-associated germline variants in 1591 GC samples and assessed their impact on tumor mutational load. The progression of GC was evaluated in patients with and without these variants. Transcriptomic similarities were explored by matching differentially expressed genes in GC to healthy gastric tissue with a CVID transcriptomic signature. Results: < .0001); high GC mutational load seems to be linked to immunotherapy response and worse prognosis. Transcriptomic similarities unveiled key genes and pathways implicated in innate immune responses and tumorigenesis. We identified upregulated genes related to oncogene drivers, inflammation, tumor suppression, DNA repair, and downregulated immunomodulatory genes shared between GC and CVID. Conclusions: Our findings contribute to a deeper understanding of potential molecular modulators of GC and shed light on the intricate interplay between immunodeficiency and cancer. This study underscores the clinical relevance of CVID-related variants in influencing GC progression and opens avenues for further exploration into novel therapeutic approaches.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,731
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,053
Tête enseignante GPT0,320
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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