Clinical proteomic analysis across the Alzheimer’s disease continuum
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Alzheimer’s disease (AD), defined by amyloid‐β (Aβ) and neurofibrillary tau tangles, can be viewed as a continuum, starting with an asymptomatic “pre‐clinical” phase that progresses to a symptomatic clinical stage characterized as mild cognitive impairment (MCI), and finally, AD dementia. Identifying biomarkers reflective of the different disease stages is important to detect individuals at risk of developing AD, to monitor disease progression and the effect of treatments, as well as to determine new therapeutic targets. Method We present data from a cross‐sectional tandem mass tag (TMT) proteomic study of cerebrospinal fluid (CSF) samples from the Translational Biomarkers in Aging and Dementia (TRIAD) cohort (young adults (n = 22), cognitively unimpaired (n = 54), cognitively impaired (n = 26), MCI (n = 19), AD (n = 19), non‐AD (n = 16), frontotemporal dementia (n = 9); total n = 214); a highly profiled cohort across the AD continuum with clinical and neuropsychological assessments, MRI, and Aβ and tau positron emission tomography (PET). To enhance detection of brain‐derived proteins, we evaluated the use of a TMT booster channel consisting of brain protein extract. Planned statistical analyses include linear regression modelling to compare biomarker distributions across groups, covariating for sex and age where appropriate as well as correlation analyses of biomarker levels with Aβ and tau PET measurements. Result Our preliminary data analysis suggests that a set of proteins differed with high significance between amyloid PET negative and positive individuals (Fig. 1), including proteins that showed changes already at the pre‐clinical stage of AD. We will explore the correlation of the identified biomarker candidates with pathological process and disease progression, as well as with Aβ‐ and tau‐PET measurements. Also, protein changes associated with aging and other neurodegenerative disorders will be evaluated. Finally, the use of a TMT booster based on brain protein extract to enhance identification of CSF biomarkers will be assessed. Conclusion This study describes the most extensive unbiased proteomic profiling in CSF across the AD continuum, identifying proteins that may serve as novel therapeutic targets and fluid biomarkers for the disease. Additionally, the use of a TMT booster to enhance the detection of brain‐derived proteins was evaluated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».