The Emory‐Sage‐SGC TREAT‐AD Center: Tool development for novel targets in Alzheimer’s Disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Alzheimer’s disease (AD) is one of the most prevalent neurodegenerative diseases affecting over 55 million people worldwide. Over the last 20 years, AD research has focused on a limited number of potential drug targets. Given the demonstrated heterogeneity of the disease in biological and genetic components, there is a need to evaluate a broad range of therapeutic hypotheses for target prioritization and development. The Emory‐Sage‐SGC TREAT‐AD Center is generating and openly distributing validated experimental tools necessary to test target predictions generated through sequence‐based characterization of human disease state. We believe that these tools and reagents, including chemical and biological probes that target the multifaceted dysregulation in the brains of AD patients will advance the discovery of potential drug targets for AD. Method Our Center uses integrated computational approaches to identify target predictions from a set of prioritized therapeutic hypotheses. The current target portfolio was assembled by evaluating prioritized understudied proteins by the Accelerating Medicines Partnership in AD (AMP‐AD) consortium and additional NIA‐supported AD consortia. Nominated targets were evaluated by calculating an unbiased target risk score, literature score, and druggability. Targets are then mapped to 16 biological domains (BDs) that describe and codify the different processes that are dysregulated in AD and prioritized based on multiple lines of evidence for overall AD‐risk. Targets that meet criteria for development are evaluated to identify a set of experimental reagents necessary for hypothesis testing, termed a “target enablement package (TEP). Result We have prioritized more than 30 understudied targets for TEP development. For each understudied target, a TEP includes expression constructs, purified protein and methods, validated knockout cell lines, and antibody validation. All reagents are developed to meet established quality criteria. For a subset of tractable targets additional TEP components include assay development, crystal structures, screening, and probe development. Advanced targets include SYK, DDX1, SFRP1, SDC4, ARHGEF2, and CAPN2. TREAT‐AD investigators place all data, knowledge, reagents, and tools into the open domain with no intellectual property claims. Conclusion All data, protocols, reagent sets, and chemical tools will be made widely available on the AD Knowledge Portal. For more information see www.treatad.org.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,015 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».