Study of TMEM106B expression levels under neurodegenerative conditions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background TMEM106B is a transmembrane protein involved in dendrite morphogenesis and lysosome trafficking. TMEM106B was identified as a susceptibility gene for frontotemporal lobar degeneration with TDP‐43 inclusions (FTLD‐TDP). Brain tissue from patients with FTLD‐TDP showed increased mRNA levels of TMEM106B compared to normal controls (Van Deerlin et al, Nat Genet 2010). Our goal is to study TMEM106B expression levels in other neurodegenerative conditions such as progressive supranuclear palsy (PSP), Alzheimer’s disease (AD) and a well‐established mouse model of entorhinal cortex lesions (ECL). Method Unilateral electrolytic lesions to the entorhinal cortex were conducted on two‐to‐three months old male C57BL/6j mice by stereotaxic surgery. For sham‐operated animals, the electrode was lowered only 1 mm without current and sacrifices were performed on the same day. All other lesioned mice were sacrificed 2, 7, 14, 21 or 40 days post‐lesion (DPL). Total RNA was extracted from frozen ipsilateral and contralateral hippocampi and expression profiles were measured with the Affymetrix Mouse ClariomTM D Assay. The Mayo Clinic Brain Bank collected RNA samples from temporal cortex and measured gene expression levels using next‐generation RNA sequencing (RNAseq). Results are available for 274 subjects with the following conditions: PSP, N = 84; AD, N = 82; pathological aging (PA), N = 30; and cognitively unimpaired (CU), N = 78. Result In the ECL mouse model, ipsilateral Tmem106b expression levels were significantly reduced during the deafferentation phase (DPL2: p = 0.046) and reached maximum levels during the reinnervation phase (DPL14: p = 0.030 and DPL21: p = 0.019), compared to sham‐operated animals. In human temporal cortices, TMEM106B expression increased progressively from CU (10.76±0.62), to PSP (11.25±0.43), PA (12.13±1.27) and finally AD (13.10±0.44) (mean CPM ±SEM). TMEM106B mRNA levels were significantly higher in AD compared to CU (p = 0.002) and PSP (p = 0.003). Conclusion Elevated levels of TMEM106B in FTLD‐TDP, AD and during the reinnervation phase of the ECL mouse model suggest an active response to tissue damage that is consistent with compensatory synaptic and terminal remodeling, independently from tau‐mediated pathology. This hypothesis is consistent with TMEM106B levels found in PSP, which is characterized by abundant neurofibrillary tangles that differ in both distribution and composition from those associated with AD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».