Evaluation of HIVEP3 polymorphic variants and gene expression in Alzheimer’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background It has been increasingly recognized that neuroinflammation plays an important role in the pathophysiology of Alzheimer’s disease (AD). The HIVEP3 gene encodes a transcription factor that regulates inflammatory response, and variants in this gene have been associated with increased risk for Parkinson’s disease. HIVEP3 gene expression is transiently decreased following nerve damage, consistent with a role during neuronal remodeling . In the present work, we investigate genetic variants in the HIVEP3 gene as risk factors for AD, and study HIVEP3 gene expression in human cerebral cortex. Method We have used three different cohorts to assess the association of HIVEP3 polymorphisms with the risk of developing AD: the International Genomics of Alzheimer’s Project (IGAP), the Quebec Founder Population Cohort (QFP) and Kunkle et al. stage 1 GWAS dataset. In the QFP cohort, we measured HIVEP3 protein levels (using ELISA) and mRNA levels (using RT‐PCR) in the frontal cortex of autopsied‐confirmed AD and control subjects. Result We have found that the rs10493098 C variant is associated with increased risk of AD in IGAP 2009 (p = 0.018, OR = 1.04), QFP (p< 5 × 10−8, OR = 1.37) and Kunkle et al. 2019 stage 1 IGAP GWAS (p = 0.006). In the IGAP cohort, this variant is associated with increased risk of AD only in APOE4 negative participants (p = 0.0009). Cortical HIVEP3 protein levels are increased in subjects with AD compared to controls (p = 0.029) and in subjects with at least one copy of the rs10493098 C variant compared to non‐carriers (p = 0.03). There are no changes in mRNA levels as a function of disease status or presence of the rs10493098 C variant. There is no correlation between HIVEP3 protein or mRNA levels and senile plaques or neurofibrillary tangles densities. Conclusion We have identified a new genetic variant associated with increased risk for AD. The HIVEP3 rs10493098 C variant is associated with increased risk of AD, particularly in APOE4 negative participants. HIVEP3 proteins levels are increased in the frontal cortex of AD subjects compared to controls and in rs10493098 C carriers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».