Targeted proteomic search reveals new actors in the synaptic and lysosomal dysfunction in genetic FTD, a GENFI study.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background At present, there are limited fluid biomarkers which measure the underlying pathophysiology of frontotemporal dementia (FTD). Approximately a third of people with FTD have a genetic cause where the pathological basis is well understood. Studying fluid biomarkers in these genetic forms therefore allows greater insight into the relationship between the measure and the underlying disease mechanism. Based on prior work identifying synaptic and lysosomal dysfunction as common mechanisms across the different forms of FTD, we performed a targeted search of proteins related with synapses and the lysosomal pathway on an unbiased proteomic dataset generated from the GENetic FTD Initiative (GENFI) study. Method The dataset was obtained from a total of 248 cerebrospinal fluid samples (CSF) from the GENFI cohort including 109 presymptomatic (44 C9orf72, 39 GRN, 26 MAPT) and 63 symptomatic (34 C9orf72, 17 GRN, 12 MAPT) mutation carriers as well as 76 mutation‐negative controls where Tandem Mass Tag (TMT) proteomics had been performed. We selected the clusters obtained from a Gene Ontology analysis that corresponded to the terms “synapse” and “lysosome” and generated a list of proteins related to each category. We then analysed the differences in each specific protein between genetic groups. Result A total of 42 of the synaptic proteins preselected were significantly changed in symptomatic MAPT mutation carriers, 70 in symptomatic GRN mutation carriers, and 92 in the symptomatic C9orf72 group. Among all of these, there were only 9 proteins that overlapped in the three genetic forms. This list included reelin, which was significantly decreased in each symptomatic group when compared to controls (MAPT p‐value = 0.0016, GRN = 0.0008, C9orf72 = 0.0064), and calretinin, which was significantly increased in symptomatic groups compared to controls (MAPT = 0.0260, GRN = 0.0000, C9orf72 = 0.0100). We then used the same approach to study lysosomal proteins, and found that 38 proteins were significantly changed in symptomatic MAPT, 31 in the symptomatic GRN group and 41 in symptomatic C9orf72 expansion carriers. Conclusion This study provides new insights into candidate markers to assess synaptic and lysosomal dysfunction in FTD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».