Quantifying the role of genome size and repeat content in adaptive variation and the architecture of flowering time in Amaranthus tuberculatus
Notice bibliographique
Résumé
Genome size variation, largely driven by repeat content, is poorly understood within and among populations, limiting our understanding of its significance for adaptation. Here we characterize intraspecific variation in genome size and repeat content across 186 individuals of Amaranthus tuberculatus, a ubiquitous native weed that shows flowering time adaptation to climate across its range and in response to agriculture. Sequence-based genome size estimates vary by up to 20% across individuals, consistent with the considerable variability in the abundance of transposable elements, unknown repeats, and rDNAs across individuals. The additive effect of this variation has important phenotypic consequences-individuals with more repeats, and thus larger genomes, show slower flowering times and growth rates. However, compared to newly-characterized gene copy number and polygenic nucleotide changes underlying variation in flowering time, we show that genome size is a marginal contributor. Differences in flowering time are reflected by genome size variation across sexes and marginally, habitats, while polygenic variation and a gene copy number variant within the ATP synthesis pathway show consistently stronger environmental clines than genome size. Repeat content nonetheless shows non-neutral distributions across the genome, and across latitudinal and environmental gradients, demonstrating the numerous governing processes that in turn influence quantitative genetic variation for phenotypes key to plant adaptation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».