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Enregistrement W4390345401 · doi:10.1038/s41588-023-01584-8

Multi-ancestry genome-wide association meta-analysis of Parkinson’s disease

2023· review· en· W4390345401 sur OpenAlexaff
Jonggeol Jeffrey Kim, Dan Vitale, Diego Véliz Otani, Michelle Mulan Lian, Karl Heilbron, Stella Aslibekyan, Adam Auton, Elizabeth Babalola, Robert K. Bell, Jessica Bielenberg, Katarzyna Bryc, Emily Bullis, Paul Cannon, Daniella Coker, Gabriel Cuéllar-Partida, Devika Dhamija, Sayantan Das, Sarah L. Elson, Nicholas Eriksson, Teresa Filshtein, Alison Fitch, Kipper Fletez‐Brant, Pierre Fontanillas, Will Freyman, Julie M. Granka, Alejandro Hernandez, Barry Hicks, David A. Hinds, Ethan M. Jewett, Yunxuan Jiang, Katelyn Kukar, Alan Kwong, Keng‐Han Lin, Bianca A. Llamas, Maya Lowe, Jey C. McCreight, Matthew H. McIntyre, Steven J. Micheletti, Meghan E. Moreno, Priyanka Nandakumar, Dominique T. Nguyen, Elizabeth S. Noblin, Jared O’Connell, Aaron A. Petrakovitz, G. David Poznik, Alexandra Reynoso, Madeleine Schloetter, Morgan Schumacher, Anjali J. Shastri, Janie F. Shelton, Jingchunzi Shi, Suyash Shringarpure, Qiaojuan Jane Su, Susana A. Tat, Christophe Toukam Tchakouté, Vinh Tran, Joyce Y. Tung, Xin Wang, Wei Wang, Catherine H. Weldon, Peter Wilton, Corinna D. Wong, Hirotaka Iwaki, Julie Lake, Caroline Warly Solsberg, Hampton L. Leonard, Mary B. Makarious, Eng‐King Tan, Andrew Singleton, Sara Bandrés‐Ciga, Alastair J. Noyce, Emilia Gatto, Marcelo Kauffman, Samson Khachatryan, Zaruhi Tavadyan, Claire E. Shepherd, Julie Hunter, Kishore R. Kumar, Melina Ellis, Miguel E. Rentería, Sulev Kõks, Alexander Zimprich, Artur Francisco Schumacher Schuh, Carlos Roberto de Mello Rieder, Paula Saffie Awad, Vítor Tumas, Sarah Camargos, Edward A. Fon, Oury Monchi, Ted Fon, Benjamin Pizarro Galleguillos, Marcelo Miranda, M. Leonor Bustamante, Patricio Olguı́n, Pedro Chaná, Beisha Tang, Huifang Shang, Jifeng Guo, Piu Chan, Wei Luo, Gonzálo Arboleda, Jorge Orozc, Marlene Jiménez-Del-Río, Mohamed Salama, Walaa A. Kamel, Yared Z. Zewde, Alexis Brice, Jean‐Christophe Corvol, Ana Westenberger, Anastasia Illarionova, Brit Mollenhauer, Christine Klein, Eva‐Juliane Vollstedt, Franziska Hopfner, Günter U. Höglinger, Harutyun Madoev, Joanne Trinh, Johanna Junker, Katja Lohmann, Lara M. Lange, Manu Sharma, Sergiu Groppa, Thomas Gasser, Zih‐Hua Fang, Albert Akpalu, Georgia Xiromerisiou, Georgios Hadjigorgiou, Ioannis Dagklis, Ioannis Tarnanas, Leonidas Stefanis, María Stamelou, Efthymios Dadiotis, Alex Medina, Germaine Hiu-Fai Chan, Nancy Y. Ip, Nelson Yuk-Fai Cheung, Phillip Chan, Xiaopu Zhou, Asha Kishore, K. P. Divya, Pramod Kumar Pal, Prashanth Lingappa Kukkle, Roopa Rajan, Rupam Borgohain, Mehri Salari, Andrea Quattrone, Enza Maria Valente, Lucilla Parnetti, Micol Avenali, Tommaso Schirinzi, Manabu Funayama, Nobutaka Hattori, Tomotaka Shiraishi, Altynay Karimova, Gulnaz Kaishibayeva, Cholpon Shambetova, Rejko Krüger, Ai Huey Tan, Azlina Ahmad‐Annuar, Nor Azian Abdul Murad, Shahrul Azmin, Shen‐Yang Lim, Wael Mohamed, Yi Wen Tay, Daniel Martínez-Ramírez, Mayela Rodríguez‐Violante, Paula Reyes‐Pérez, Bayasgalan Tserensodnom, Rajeev Ojha, Tim Anderson, Toni L. Pitcher, Arinola Sanyaolu, Njideka Okubadejo, Oluwadamilola O. Ojo, Jan Aasly, Lasse Pihlstrøm, Manuela Tan, Shoaib Ur-Rehman, Diego Véliz-Otani, Mario Cornejo‐Olivas, Maria Leila M. Doquenia, Raymond L. Rosales, Ángel Viñuela, Е. А. Яковенко, Bashayer Al Mubarak, Muhammad Umair, Ferzana Amod, Jonathan Carr, Soraya Bardien, Beomseok Jeon, Yun Joong Kim, Esther Cubo, Ignacio Álvarez, Janet Hoenicka, Katrin Beyer, María Teresa Periñán, Pau Pástor, Sarah El-Sadig, Kajsa Brolin, Christiane Zweier, Gerd Tinkhauser, Paul Krack, Chin‐Hsien Lin, Hsiu-Chuan Wu, Pin‐Jui Kung, Ruey‐Meei Wu, Yih‐Ru Wu, Rim Amouri, Samia Ben Sassi, A. Nazl Başak, Gençer Genç, Özgür Öztop Çakmak, Sibel Ertan, Alejandro Martínez-Carrasco, Anette Schrag, Anthony H.V. Schapira, Camille Carroll, Claire Bale, Donald G. Grosset, Eleanor J. Stafford, Henry Houlden, Huw R. Morris, John Hardy, Kin Y. Mok, Mie Rizig, Nicholas Wood, Nigel Williams, Olaitan Okunoye, Patrick A. Lewis, Rauan Kaiyrzhanov, Rimona S. Weil, Seth Love, Simon Stott, Simona Jasaityte, Sumit Dey, Vida Obese, Alberto J. Espay, Alyssa O’Grady, Andrew K. Sobering, Bernadette Siddiqi, Bradford Casey, Brian Fiske, Cabell Jonas, Carlos Cruchaga, Caroline B. Pantazis, Charisse Comart, Claire Wegel, Deborah A. Hall, Dena Hernández, Ejaz Shiamim, Ekemini Riley, Faraz Faghri, Geidy E. Serrano, Honglei Chen, Ignácio F. Mata, Ignacio Juan Keller Sarmiento, Jared Williamson, Joseph Jankovic, Joshua Shulman, J Solle, Kaileigh Murphy, Karen Nuytemans, Karl Kieburtz, Katerina Markopoulou, Kenneth Marek, Kristin Levine, Lana M. Chahine, Laura Ibáñez, Laurel A. Screven, Lauren Ruffrage, Lisa M. Shulman, Luca Marsili, Maggie Kuhl, Marissa Dean, Mathew J. Koretsky, Megan J. Puckelwartz, Miguel Inca‐Martinez, Naomi Louie, Niccolò E. Mencacci, Roger L. Albin, Roy N. Alcalay, Ruth Walker, Sohini Chowdhury, Sonya B. Dumanis, Steven Lubbe, Tao Xie, Tatiana M. Foroud, Thomas Beach, Todd Sherer, Yeajin Song, Duan Nguyen, Toan Nguyen, Masharip Atadzhanov, Cornelis Blauwendraat, Mike A. Nalls, Jia Nee Foo

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2023
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueParkinson's Disease Mechanisms and Treatments
Établissements canadiensMcGill UniversityInstitut Universitaire de Gériatrie de MontréalMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesInnovate UKNational Medical Research CouncilNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilBarts CharityNational Institute on AgingMinistry of Education - SingaporeParkinson's FoundationMichael J. Fox Foundation for Parkinson's ResearchNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésBiologyGenome-wide association studyGenetic associationExpression quantitative trait lociGeneticsMeta-analysisDiseasePopulationGenomeImputation (statistics)1000 Genomes ProjectSingle-nucleotide polymorphismGeneGenotypeMissing dataMedicineInternal medicineEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Although over 90 independent risk variants have been identified for Parkinson's disease using genome-wide association studies, most studies have been performed in just one population at a time. Here we performed a large-scale multi-ancestry meta-analysis of Parkinson's disease with 49,049 cases, 18,785 proxy cases and 2,458,063 controls including individuals of European, East Asian, Latin American and African ancestry. In a meta-analysis, we identified 78 independent genome-wide significant loci, including 12 potentially novel loci (MTF2, PIK3CA, ADD1, SYBU, IRS2, USP8, PIGL, FASN, MYLK2, USP25, EP300 and PPP6R2) and fine-mapped 6 putative causal variants at 6 known PD loci. By combining our results with publicly available eQTL data, we identified 25 putative risk genes in these novel loci whose expression is associated with PD risk. This work lays the groundwork for future efforts aimed at identifying PD loci in non-European populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,495
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,006
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,114
Tête enseignante GPT0,381
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations259
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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