Construction of a 10-year Pharmacogenetic Literature Database with Information on Alternative Allele Frequency: PharmGAF DB
Notice bibliographique
Résumé
Background: Following the rapid growth in genetic information related to drug responses, the urgent need to organize this information for clinical use has arisen.The current databases used in Korea lack information about drug responses as they pertain to specific ethnic groups, including Koreans, and the frequency of genomic variants.This study aimed to develop a pharmacogenetics-alternative allele frequency (AAF) database (PharmGAF DB) in South Korea to address this issue.Methods: Drugs were selected from the drug response database of the Korean Ministry of Food and Drug Safety by studying various pharmacogenetic guidelines such as Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium, Dutch Pharmacogenetics Working Group, and Canadian Pharmacogenomics Network for Drug Safety and drug labels accepted by various health authorities such as the United States Food and Drug Administration, European Medicines Agency, and the Pharmaceuticals and Medical Devices Agency.Information on drug responses was collected and updated for a set of selected drugs from pharmacogenetics literature over the past ten years.AAF information was gathered from the Korean Reference Genome Database, the single nucleotide polymorphism database, and the Allele Frequency Net Database.Results: In total, 80 drugs were investigated, and the pharmacogenomic effects of 142 variants in relation to these drugs were updated.Pharmacokinetic effects were found for 51 variants and pharmacodynamic effects were found for 111 variants.AAF information was collected for these variants in Korean, East Asian, and Caucasian populations.Variants for which AAF significantly differed between Koreans and Caucasians were identified.Finally, PharmGAF DB was created by combining information on the pharmacogenomic effects and the AAF. Conclusion:The newly developed database, PharmGAF DB, was created by merging information on how drug responses relate to genotypes and allele frequencies among different ethnic groups.PharmGAF DB should improve drug efficacy and reduce the occurrence of side effects by supporting the implementation of precision medicine in clinical practice.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,047 | 0,035 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,020 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».