A uniform gene and chromosome nomenclature system for oat (Avena spp.)
Notice bibliographique
Résumé
Context Several high-quality reference genomes for oat (Avena sativa L. and relatives) have been published, with the prospect of many additional whole-genome assemblies emerging in the near future. Aims This has necessitated an effort by the International Oat Nomenclature Committee (IONC; all co-authors on this paper) to devise a universal system for naming oat genomes and subgenomes, chromosomes, genes, gene models and quantitative trait loci. Methods We evaluated existing naming practices, recent data from oat whole-genome sequencing, and the newly published convention for wheat nomenclature. Key results A framework for these rules has been posted on the GrainGenes database website (https://wheat.pw.usda.gov/GG3/oatnomenclature). The gene naming convention requires adoption of a numerical identifier for each genotype; we propose that these identifiers be assigned by contacting the GrainGenes curators, the curator of the Oat Newsletter, or a member of the IONC (as listed at the GrainGenes link above). Conclusions We encourage oat researchers to refer to these resources, policies, procedures and conventions, adopting them as an international nomenclature standard. Implications Adoption of these standards will facilitate communication and dissemination of oat research and allow programmatic access and data sharing across platforms, and will contribute to oat breeding and research worldwide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».