Chronic COVID-19 infection in an immunosuppressed patient shows changes in lineage over time: a case report
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The COVID-19 pandemic, caused by the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 virus, emerged in late 2019 and spready globally. Many effects of infection with this pathogen are still unknown, with both chronic and repeated COVID-19 infection producing novel pathologies. CASE PRESENTATION: An immunocompromised patient presented with chronic COVID-19 infection. The patient had history of Hodgkin's lymphoma, treated with chemotherapy and stem cell transplant. During the course of their treatment, eleven respiratory samples from the patient were analyzed by whole-genome sequencing followed by lineage identification. Whole-genome sequencing of the virus present in the patient over time revealed that the patient at various timepoints harboured three different lineages of the virus. The patient was initially infected with the B.1.1.176 lineage before coinfection with BA.1. When the patient was coinfected with both B.1.1.176 and BA.1, the viral populations were found in approximately equal proportions within the patient based on sequencing read abundance. Upon further sampling, the lineage present within the patient during the final two timepoints was found to be BA.2.9. The patient eventually developed respiratory failure and died. CONCLUSIONS: This case study shows an example of the changes that can happen within an immunocompromised patient who is infected with COVID-19 multiple times. Furthermore, this case demonstrates how simultaneous coinfection with two lineages of COVID-19 can lead to unclear lineage assignment by standard methods, which are resolved by further investigation. When analyzing chronic COVID-19 infection and reinfection cases, care must be taken to properly identify the lineages of the virus present.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».