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Enregistrement W4390645748 · doi:10.26508/lsa.202302258

<i>USP27X</i>variants underlying X-linked intellectual disability disrupt protein function via distinct mechanisms

2024· article· en· W4390645748 sur OpenAlexaff
I Koch, Maya Slovik, Yuling Zhang, Bingyu Liu, Martin L. Rennie, Emily Konz, Benjamin Cogné, Muhannad Daana, Laura Davids, Illja J. Diets, Nina B. Gold, Alexander M. Holtz, Bertrand Isidor, Hagar Mor‐Shaked, Juanita Neira Fresneda, Karen Y. Niederhoffer, Mathilde Nizon, Rolph Pfundt, MEH Simon, Alexander P.A. Stegmann, María J. Guillen Sacoto, Marijke R. Wevers, Tahsin Stefan Barakat, Shira Yanovsky‐Dagan, Boyko S. Atanassov, Rachel Toth, Chengjiang Gao, Francisco Bustos, Tamar Harel

Notice bibliographique

RevueLife Science Alliance · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueUbiquitin and proteasome pathways
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Human Genome Research InstituteNational Institutes of HealthNational Cancer InstituteZonMwUniversity of Dundee
Mots-clésIntellectual disabilityBiologyPhenotypeGeneGeneticsFunction (biology)Loss functionProtein functionComputational biologyNeuroscienceBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Neurodevelopmental disorders with intellectual disability (ND/ID) are a heterogeneous group of diseases driving lifelong deficits in cognition and behavior with no definitive cure. X-linked intellectual disability disorder 105 (XLID105, #300984; OMIM) is a ND/ID driven by hemizygous variants in the USP27X gene encoding a protein deubiquitylase with a role in cell proliferation and neural development. Currently, only four genetically diagnosed individuals from two unrelated families have been described with limited clinical data. Furthermore, the mechanisms underlying the disorder are unknown. Here, we report 10 new XLID105 individuals from nine families and determine the impact of gene variants on USP27X protein function. Using a combination of clinical genetics, bioinformatics, biochemical, and cell biology approaches, we determined that XLID105 variants alter USP27X protein biology via distinct mechanisms including changes in developmentally relevant protein–protein interactions and deubiquitylating activity. Our data better define the phenotypic spectrum of XLID105 and suggest that XLID105 is driven by USP27X functional disruption. Understanding the pathogenic mechanisms of XLID105 variants will provide molecular insight into USP27X biology and may create the potential for therapy development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,250
Score d'incertitude au seuil0,809

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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