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Enregistrement W4390700516 · doi:10.1101/2024.01.09.23300329

RNA methyltransferase SPOUT1/CENP-32 links mitotic spindle organization with the neurodevelopmental disorder SpADMiSS

2024· preprint· en· W4390700516 sur OpenAlexaff
Avinash V. Dharmadhikari, Maria Alba Abad, Sheraz Khan, Reza Maroofian, Tristan T. Sands, Farid Ullah, Itaru Samejima, Martin A. Wear, Kiara E. Moore, Elena Kondakova, Natalia Mitina, Theres Schaub, Grace K Lee, Christine Umandap, Sara M. Berger, Alejandro Iglesias, Bernt Popp, Rami Abou Jamra, Heinz Gabriel, Stefan Rentas, Alyssa L. Rippert, Kosuke Izumi, Laura K. Conlin, Daniel C. Koboldt, Theresa Mihalic Mosher, Scott E. Hickey, Dara V.F. Albert, Haley Norwood, Amy Feldman Lewanda, Hongzheng Dai, Pengfei Liu, Tadahiro Mitani, Dana Marafi, Davut Pehli̇van, Jennifer E. Posey, Natalie Lippa, Natalie Vena, Erin L. Heinzen, David B. Goldstein, Cyril Mignot, Jean‐Madeleine de Sainte Agathe, Nouriya Al‐Sannaa, Mina Zamani, Saeid Sadeghian, Tahere Seifia, Maha S. Zaki, Ghada M. H. Abdel‐Salam, Mohamed S. Abdel‐Hamid, Lama AlAbdi, Fowzan S. Alkuraya, Heba Dawoud, Aya Lofty, Peter Bauer, Giovanni Zifarelli, Erum Afzal, Faisal Zafar, Stéphanie Efthymiou, Daniel R. Gossett, Meghan C. Towne, Raey Yeneabat, Sandeep N. Wontakal, Vimla S. Aggarwal, Jill A. Rosenfeld, Victor Tarabykin, Shinya Ohta, James R. Lupski, Henry Houlden, William C. Earnshaw, Erica E. Davis, A. Arockia Jeyaprakash, Jun Liao

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA modifications and cancer
Établissements canadiensColumbia College
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilNational Institutes of HealthHigher Education Commision, PakistanEuropean Commission
Mots-clésNeurodevelopmental disorderMitosisMethyltransferaseBiologySpindle apparatusCell biologyNeuroscienceGeneticsMethylationGeneCellCell division

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY SPOUT1/CENP-32 encodes a putative SPOUT RNA methyltransferase previously identified as a mitotic chromosome associated protein. SPOUT1/CENP-32 depletion leads to centrosome detachment from the spindle poles and chromosome misalignment. Aided by gene matching platforms, we identified 24 individuals with neurodevelopmental delays from 18 families with bi-allelic variants in SPOUT1/CENP-32 detected by exome/genome sequencing. Zebrafish spout1/cenp-32 mutants showed reduction in larval head size with concomitant apoptosis likely associated with altered cell cycle progression. In vivo complementation assays in zebrafish indicated that SPOUT1/CENP-32 missense variants identified in humans are pathogenic. Crystal structure analysis of SPOUT1/CENP-32 revealed that most disease-associated missense variants mapped to the catalytic domain. Additionally, SPOUT1/CENP-32 recurrent missense variants had reduced methyltransferase activity in vitro and compromised centrosome tethering to the spindle poles in human cells. Thus, SPOUT1/CENP-32 pathogenic variants cause an autosomal recessive neurodevelopmental disorder: SpADMiSS ( SPOUT1 Associated Development delay Microcephaly Seizures Short stature) underpinned by mitotic spindle organization defects and consequent chromosome segregation errors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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