Evolution and diversification of the momilactone biosynthetic gene cluster in the genus <i>Oryza</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Plants are master chemists and collectively are able to produce hundreds of thousands of different organic compounds. The genes underlying the biosynthesis of many specialized metabolites are organized in biosynthetic gene clusters (BGCs), which is hypothesized to ensure their faithful co-inheritance and to facilitate their coordinated expression. In rice, momilactones are diterpenoids that act in plant defence and various organismic interactions. Many of the genes essential for momilactone biosynthesis are grouped in a BGC. Here, we apply comparative genomics of diploid and allotetraploid Oryza species to reconstruct the species-specific architecture, evolutionary trajectory, and sub-functionalisation of the momilactone biosynthetic gene cluster (MBGC) in the Oryza genus. Our data show that the evolution of the MBGC is marked by lineage-specific rearrangements and gene copy number variation, as well as by occasional cluster loss. We identified a distinct cluster architecture in O. coarctata , which represents the first instance of an alternative architecture of the MBGC in Oryza and strengthens the idea of a common origin of the cluster in Oryza and the distantly related genus Echinochloa . Our research illustrates the evolutionary and functional dynamics of a biosynthetic gene cluster within a plant genus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».