Detection of terrestrial organic matter using ancient DNA from marine sediments by trnL metabarcoding
Notice bibliographique
Résumé
Sedimentary ancient DNA (sedaDNA) extracted from sediment cores is more frequently used to reconstruct past ecosystems and their biodiversity. When reconstructing past vegetation components, cores are most often taken within terrestrial and lake systems. Research on marine environments looking at the terrestrial input has so far been frequently based on biogeochemical analyses. While studies looking into marine eukaryotes, especially diatoms, have been frequently conducted, it is unknown whether or not terrestrial plant sedaDNA from marine sediments can be used to reconstruct past ecosystems and the prevailing conditions characterizing the surrounding areas as successfully. Here, sedaDNA was extracted from 18 samples taken from the sediment core SO202-18-6 from the Bering Slope within the Bering Sea, representing the past drainage basin of the Yukon River. The selected samples were dated based on previously published age models and cover the Late Deglaciation to the early Holocene. Via metabarcoding, the short P6 loop of the chloroplast trnL (UAA) intron, a barcode unique in terrestrial plant DNA, was amplified and sequenced using HTS. Throughout the sediment record, the Yukon River vegetation was dominated by Salicaceae. Rosaceae contributed a further significant part to the identified vegetation. While their trends throughout time are consistent, an exception is found within the colder Younger Dryas, in which Rosaceae increases at the expense of Salicaceae. While further taxa are recorded at low abundances, a stable record is found to have characterized the Yukon River vegetation within the Late Deglaciation based on the two dominating taxa, indicating ecological stability, even though major climatic shifts took place since the LGM. Thus, this study provides a first look into using sedaDNA as a tool for reconstructing past terrestrial ecosystems derived from a marine sediment core and based on a riverine input source.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».