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Enregistrement W4390788127 · doi:10.1101/2024.01.08.574743

Interactors of sacsin’s DNAJ domain identify function in organellar transport and membrane composition relevant to ARSACS pathogenesis

2024· preprint· en· W4390788127 sur OpenAlexaffabout
Alexandre Paré, Zacharie Cheng-Boivin, Afrooz Dabbaghizadeh, Sandra Minotti, Heather D. Durham, Benoît J. Gentil

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEndoplasmic Reticulum Stress and Disease
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCell biologyBiologyGolgi apparatusRabOrganelleTransport proteinProtein domainMembrane proteinHereditary spastic paraplegiaBiogenesisEndoplasmic reticulumGeneticsPhenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Autosomal Recessive Spastic Ataxia of the Charlevoix Saguenay (ARSACS) is caused by loss of function mutations in the SACS gene encoding sacsin, a 520kDa protein with multiple functional domains. The goal of this study was to identify client proteins interacting with the J domain, a cochaperone domain interacting with Hsp70 chaperones, to gain insights into sacsin’s function and its disruption in experimental models of ARSACS. Pull downs from mouse brain identified Rabs and Rab-associated proteins including Rab1b, ARF5 and endophilin B2, involved in organelle trafficking. In cell and mouse models of ARSACS, higher molecular weight species of Rab1b were identified on SDS-PAGE in addition to the normal 25kDa band and Rab1was retained in the soma along with membranous organelles ( i.e. , ER, Golgi and ATG9 autophagic vesicles). These changes were reversed by expression of the DNAJ domain or the Ubl domain of sacsin and occurred independent of the formation of abnormal bundles of intermediate filaments, a key feature of ARSACS. Although Rab1b was associated with both Golgi and ER in both Sacs +/+ and Sacs -/- cells, expression of the DNAJ domain or the Ubl domain of sacsin increased Rab1b association with ER and restored normal electrophoretic mobility. Finally, subcellular distribution of another membrane protein, neuroplastin, a key receptor for synapse formation and plasticity, also was impaired, pointing to a general problem in Rab-dependent membrane trafficking in the absence of sacsin.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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