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Enregistrement W4390810969 · doi:10.1101/2024.01.12.575323

PyLossless: A non-destructive EEG processing pipeline

2024· preprint· en· W4390810969 sur OpenAlexafffund
Scott Huberty, James A. Desjardins, Tyler Collins, Mayada Elsabbagh, Christian O’Reilly

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueEEG and Brain-Computer Interfaces
Établissements canadiensCompute CanadaMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéUniversity of South Carolina
Mots-clésComputer sciencePipeline (software)Artifact (error)Pipeline transportStandardizationData miningPython (programming language)Data processingProcess (computing)Artificial intelligenceHuman–computer interactionDatabaseProgramming languageEngineering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

EEG recordings are typically long and contain large amounts of data, making manual cleaning a time-consuming and error-prone task. Automated preprocessing pipelines can facilitate the efficient and objective extraction of artifacts, enabling standardized and reproducible analyses. However, automated preprocessing pipelines typically remove data considered artifacts and return a subset of irreversibly transformed signals. This approach obfuscates preprocessing decisions and often makes it impossible to recover the original data or modify the preprocessing steps. Further, it complicates collaboration among research teams working on a common dataset, as different analyses may require specific preprocessing steps. Given the large amount of resources devoted to collecting EEG, tools that can efficiently and transparently preprocess data are greatly needed. PyLossless addresses this need by creating a non-destructive, automated preprocessing pipeline that maintains the continuous EEG structure. It offers a user-friendly API, is well documented, tested through continuous integration, easily deployable, and integrates with the popular MNE-Python environment. The pipeline also provides a browser-based quality control review (QCR) dashboard that allows researchers to visualize and edit automated artifact flags for sensors, time periods, and independent components. The end product of PyLossless is a lossless annotated data state that can be shared and used with analysis-specific artifact rejection policies, allowing for an optimal balance between flexibility and standardization.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Communication savante
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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